怎么筛选基因
Flodchange (FC): 处理组平均值/对照组平均值
log2Flodchange (logFC): Flodchange取log2
芯片差异分析的起点是一个取过log的表达矩阵(取值范围0-20之间),如果拿到的是不是取过log的矩阵,需先取log
log2(FC) = log(处理组取过log的表达矩阵平均值)-log(实验组取过log的表达矩阵平均值)。差异分析中的log默认是log2
三部分信息:系列号-样本号-平台信息
基因芯片:探针的表达量代表基因的表达量,探针与序列绑定
芯片数据:数据Type: Expression profiling by array
转录组测序: 数据Type: Expression profiling by high throughput sequencing
1.直接取GEO官网找
2.文献中找
1.传统下载方式
library(GEOquery)
eSet = getGEO("GSE7305", destdir = '.', getGPL = F)
2.从网页上下载/发链接让别人帮忙下,放在工作目录里
需要下载表达数据、临床信息、GPL编号
表达数据:
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
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