SCInter——人和小鼠单细胞转录组综合数据库

文章：Zhao, J., Wang, Y., Feng, C., Yin, M., Gao, Y., Wei, L., ... & Li, C. (2024). SCInter: A comprehensive single-cell transcriptome integration database for human and mouse. Computational and Structural Biotechnology Journal, 23, 77-86. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037023004403

网站：https://bio.liclab.net/SCInter/index.php

数据库搜集了115 个数据集的1016 个单细胞样本，涵盖近 150 个组织/细胞系。注释了 457 种细胞类型的 12,925 个cluster和 8016,646 个细胞marker基因。使用了统一的流程处理，包括细胞类型注释、降维、细胞聚类、marker基因筛选、细胞分化轨迹等。支持了多种平台数据，包括10x Chromium, Microwell-seq, Drop-seq, SMART-seq2 and CEL-Seq2。

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SCInter的主要功能：

• 三种查询模式，结果包括了样本 ID/数据集 ID、生物样本类型和名称、组织类型、GEO ID、细胞/基因编号和简单绘图
• 细胞聚类、注释和基因表达量
• 不同细胞类型之间受体和配体蛋白的细胞通讯
• 细胞类型分布

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