PyMol由 Warren L. DeLano所创造,目前由薛定谔公司所维护,是结构生物学方面重要的可视化软件之一,简单易上手。大家所熟知的PyMol已经于3月12日进行了一次更新,此次版本为PyMol 3.0,之前的PyMol2 版本仍然会得到薛定谔的支持。PyMol 3.0 支持全平台,可以直接从官网下载安装,并且申请学术版本license,此处不再赘述。
我之前做过一些PyMol的教学,放在文后,自取。
现在让我们回顾一下Pymol的版本,大家可以看看自己属于哪个版本。
绿标,开源版本:
黄标,PyMol 2:
蓝标,PyMol 3:
整体界面更新较大,但是仍然可以快速上手。
PyMol 3.0
PyMol 2
3.0的启动界面取消了最上方的长条,其实我觉得这样挺好,因为本身用的也非常少,而且pymol上面有个命令行模块,下方同样有个命令行模块,显得多少有点冗余,这次删除了上面的,只保留下面的,我觉得还不错。
右上方保留了重要的绘图,movie,以及构建模块。
左上方则凸显出了选择模式,观看(zoom,orient,rock),以及特殊展示(Presets)。
其中presets是我最喜欢的,其提供了一些默认显示模式以便使用,显示小分子位点,蛋白蛋白相互作用等等。
右下方则改为了:鼠标模式,wizard(一些常用功能以及demo),序列(从S变为了SEQ),摄像,命令行(放大,缩小)
SEQ改的不错,之前很多新手在主界面都找不到PyMol的蛋白质序列显示按钮。
而至于,图像导出,更是广大苦于有结构,却不知道如何展示的同学的福音。
我试了一下,非常丝滑,而且他自己可以进行独立导出,并不需要我们额外再安装ffmpeg等等,非常友好。
而至于最上方的栏目,变化不大,或许有,反正我是第一眼没看出来。
一个小Bug,bug会同步给薛定谔团队。
如果你使用PyMol的demo的Volume Rendering,3.0显示出现了问题。喜提鬼影特效一枚。
让我们来看看2.0的对比
此次更新让PyMol3变得更为简洁,让科学家可以更加集中于蛋白质结构本身。PyMol2.0在初始界面展示了太多功能,唯恐在初始界面找不到你想要的功能。而PyMol3.0则经过了长期的使用,用户反馈之后,对整体的界面进行了更为友好的优化。
hhh其实我也经常把自己的pymol设置为这样,所以,基本共识是一致的。用处少的就隐藏起来,用处大的就放出来,容易看到但是记不起来的就多写几个字,导出动画还要麻烦安装ffmpeg的就内置一个encoder。什么是重点就扩大什么(蛋白结构)。
PyMol 2 我自己设置的界面
PyMol 3 界面