就在大家经常忽略的地方:写着terminal!
昨天我们发现需要更新BioManager至3.18的话,就需要更新600多个r包。R包安装失败怎么办?(一)msigdbr
有没有办法解放双手,后台更新R包,避免一直看着更新的进度条?
在命令行中实现BiocManager::install(version = "3.18"),即在R的命令行界面之外安装Bioconductor版本或R包,可以通过调用R脚本执行。这种方法适用于需要在没有图形用户界面的环境中自动化安装R包的场景,如服务器或Docker容器。
创建一个R脚本(比如命名为install_bioconductor.R),并包含以下内容:
#如果指定想要的r包安装路径#####安装archr包##别处复制.libPaths(c("/home/data/t040413/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2", "/home/data/t040413/R/yll/usr/local/lib/R/site-library", "/usr/local/lib/R/library", "/refdir/Rlib/")).libPaths()#options(timeout = 1000) #help("repositories", package = "BiocManager")#install.packages("~/software/msigdbr_7.5.1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")# 安装BiocManager(如果尚未安装)if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")# 使用BiocManager安装特定版本的Bioconductor,并自动更新所有包而无需询问BiocManager::install(version = "3.18", ask = FALSE)
使用Rscript命令执行上述R脚本。Rscript是一个允许你从命令行运行R代码的工具,通常与R软件一起安装。在命令行(比如终端、命令提示符或PowerShell)中,切换到包含你的R脚本的目录,然后运行:
nohup Rscript install_bioconductor.R >myout.log 2>&1 &
这是一条在Linux/Unix系统下的命令,用于在后台运行一个命令并将输出重定向到一个文件中。下面对每个部分进行解释:nohup: 这是一个命令,意为"no hang up",用于让命令在后台一直运行,即使用户退出登录或终端关闭。yourcommand: 这是你要在后台运行的命令。2>&1: 这个部分是将标准错误输出重定向到标准输出,也就是将命令的错误信息也输出到文件中。&: 这个符号是将整个命令放入后台运行,以便你可以在终端中继续输入其他命令,而不用等待该命令执行完毕。综合起来,这条命令的作用是在后台运行一个命令,并将命令的输出(包括标准输出和标准错误输出)重定向到一个文件中,同时不会受到用户退出登录或终端关闭的影响。
这条命令将会执行脚本,安装指定版本的Bioconductor,并在需要时自动更新所有包,无需任何用户交互。
这种方法适合于自动化脚本或在无法进行交互式操作的环境中执行,如在批处理作业、自动化脚本。
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
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