跟着nature microbiology学绘图-多元素注释小提琴图

R语言数据分析指南

发布于 2024-03-11 13:51:40

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❝本节来根据nature microbiology上的一张图表来绘制相似风格的图，多元素注释小提琴图，「图形内容非常的丰富包含众多的元素」，数据为随意构建无意义，整个过程仅参考。希望对各位观众老爷能有所帮助。「数据代码已经整合上传到会员交流群」，购买过小编VIP的朋友可在所加的会员群内获取下载，有需要的朋友可关注文中介绍加入VIP交流群。 ❞

原图

仿图

加载R包

注：此代码需要安装最新版ggplot2 3.5版

install.packages("ggplot2")
library(tidyverse)
library(ggh4x)

导入数据

df <- read_tsv("data.xls") %>% 
  mutate(year=as.character(year))

定义因子

df$continent <- factor(df$continent,levels = c("Asia","Americas","Europe"))

计算p值

df_p_val1 <- df %>% group_by(continent)%>%
  wilcox_test(lifeExp ~year) %>%
  adjust_pvalue(p.col="p",method="bonferroni") %>%
  add_significance(p.col="p.adj") %>% 
  add_xy_position(x="year",dodge=0.8)

数据可视化

df %>% ggplot(aes(year,lifeExp))+
  annotate("rect", xmin = -Inf, xmax = Inf, ymin = -Inf, ymax = 41.5, 
           fill = "cornflowerblue", alpha = .3, color = NA)+
  annotate("rect", xmin = -Inf, xmax = Inf, ymin = 80, ymax = Inf, 
           fill = "#FCAE12", alpha = .3, color = NA) +
  geom_violin(aes(fill=continent),trim = FALSE,show.legend = F)+
  geom_boxplot(width = 0.2,outliers = FALSE, staplewidth = 0.5) +
  scale_y_continuous(sec.axis = sec_axis(~ ., name = ""))+
  geom_hline(yintercept = 80,linetype=2)+
  geom_hline(yintercept = 41.5,linetype=2)+
  facet_nested_wrap(. ~ continent,
                    strip = strip_nested(background_x = 
                                           elem_list_rect(fill=c("#3B9AB2","#7294D4","#E6A0C4")))) +
  scale_fill_manual(values = c("#3B9AB2","#7294D4","#E6A0C4"))+
  labs(x=NULL,y=NULL)+
  theme(axis.text.x=element_text(angle = 0,vjust=0.5,hjust=0.5,color="black"),
        axis.text.y=element_text(color="black"),
        plot.background = element_rect(fill="white"), 
        panel.background = element_rect(fill="white"),
        panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.spacing.x = unit(0,"cm"),
        plot.margin=unit(c(0.5,0.5,0.5,0.5),unit="cm"))

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原始发表：2024-03-04，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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