Day3 linux安装生信软件

# 1.用到wget 空格 链接，如下
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39\_24.1.2-0-Linux-x86\_64.sh

# 2.运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86\_64.sh，如下
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ bash Miniconda3-py39\_24.1.2-0-Linux-x86\_64.sh

# 3.接下来按q跳过，以及yes回车，查看是否成功，如下
Please, press ENTER to continue
>>> q

Do you accept the license terms? [yes|no]
>>> yes

You can undo this by running `conda init --reverse $SHELL`? [yes|no]
[no] >>> yes

# 4.激活并输入conda检查，如下
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ source ~/.bashrc
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda

# 5.添加镜像（这就得靠文章了，进行傻瓜式复制），如下
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show\_channel\_urls yes(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda config --add chada/cloud/conda-forge/.bfsu.edu.cn/anacond
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda config --set show\_channel\_urls yes

# 6.使用conda(下面有超级多Name)，如下
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda list

# 7.安装软件 conda install fastqc -y并输入fastqc --help检查是否安装成功，如下（出现大批文字表示成功，因为只有安装成功才会给help）
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda install fastqc -y

(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ fastqc --help

# 1.查看当前conda有哪些环境,输入conda info --envs (前面带\*的就是当前激活的)可以看到当前的还是base，如下
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda info --envs

#2.如果要处理转录组数据，要建立一个名叫rna-seq的conda环境，然后指定python版本是3，如下
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

# 3.再检查发现多了一个rna-aeq,但是还是base，如下
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda info --envs

# 4.之后激活rna-seq 输入conda activate rna-seq，此时激活完成，符号\*在rna-seq且括号里更为rna-seq,如果要退出当前环境，就运行conda deactivate,如下
(base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                     /home/bio02/biosoft/q
rna-seq               \*  /home/bio02/biosoft/q/envs/rna-se
(rna-seq) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda deactivate