准确性高,通量低,成本高
读长短,拼接困难,PCR技术增加了测序的错误率
平台:罗氏454公司的GS FLX sequencer
第二代测序技术中第一个商业化运营的测序平台
平台:Illumina solexa genome analyzer
平台:ABI公司的SOLiD sequencer
PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies 的纳米孔单分子测序技术——目前来说准确率较低
flowcell: 测序反应的载体/容器,1个flowcell有8个lane
lane: 测序反应的平行泳道,试剂添加、洗脱等过程的发生位置
tile: 每次荧光扫描的位置,肉眼是看不到的
双端测序: 可能序列比较长有四五百bp,两边各测120-150bp
junction: 双端测序中间一些没有测到的区域
flowcell构造:一个lane包含两列(swath),每一列有60个tile,每个tile会种下不同的cluster,每个tile在一次循环中会拍照4次(每个碱基一次)
构建DNA文库
上样
桥式PCR
测序
(1)全基因组测序(WGS)
(2)全外显子组测序(WES)
(3)简化基因组测序(RRGS)
作用:
(1)基因组作图(遗传图谱、物理图谱、转录本图谱)
(2)核苷酸序列分析
(3)基因定位
(4)基因功能分析
其它:
(1)以全基因组测序为目标的结构基因组学
(2)以基因功能鉴定为目标的功能基因组学
(1)mRNA-Seq
(2)IncRNA-Seq(长链非编码RNA)
(3)sRNA-Seq(主要是miRNA-Seq)
作用:
(1)获得物种或者组织的转录本信息
(2)得到转录本上基因的相关信息,如基因结构功能等
(3)发现新的基因
(4)基因结构优化
(5)发现可变剪切
(6)发现基因融合
(7)基因表达差异分析
(1)蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定
(2)构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用
(3)蛋白质结构功能预测
(4)蛋白质连锁图
(1)代谢物指纹分析
(2)代谢轮廓分析
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。