空间转录组目前之现状与临床运用

作者，Evil Genius

大家好，2024年开始，又到了国内各位老板最喜欢的降本增效、降薪裁员的环节了，不知道大家还好么？

这一篇我们来分享一下关于目前空转的现状和临床运用的相关内容，目前来讲单细胞的时代仍然在继续，但是利润上大幅缩水，预计2024年单细胞的价格还会继续下降，其实这对于研究者和公司都不算好消息，因为降价意味着发文门槛会变高，而且现在都是大样本、多组学的时代了，即使做了很多的样本，也需要一个资深的生信人员来分析，分析能力和经验成为了对我们这样的生信人员新的要求，前面的内容都已经提到过，目前总结出来的高分文献无一不是多组学，其中至少包含单细胞、空间、VDJ、外显子、宏基因组,单一组学早已无法满足科研需求，其实钱并没有少花、利润却在下降、样本越来越多、多组学也要跟上、分析如果找人或者公司又是一大把费用，自己培养人时间和成本更贵，这似乎是一个难题。

其实公司层面也不好过，国产单细胞平台有20多款，做一个样本最低价跌破6000，10X公司的单细胞由于各大公司拆分试剂的原因，售价从原来的1万6到现在的跌破1万，预计2024年的销售底价会跌破9000，有一个公司降价或者优化、大家都会跟进，无尽的内卷带来的还是利润下降、恶性竞争、降本增效，无论怎么讲，好像都没有赢家。

那么破局之路在哪？？其实早已有了答案，前面一直提到说单细胞空间和临床的结合部在宏基因组和VDJ，那么破局之路一方面需要新产品的出现，另一个方面就是走向临床。

单细胞微生物测序早已不是什么秘密，很多公司在做，不过目前没有听说哪个公司提供了成熟的产品推向市场，空间宏基因组早已有了高分文章发表，GATK的人类宿主的微生物检测流程PathSeq和在空转上的运用，技术路线也是相当成熟，不过目前也没有听说哪个公司提供此类服务，还有空间VDJ测序分析，出现的时间也有2年多了，也没有哪个公司研发出成熟的产品，这些方向是好是坏我们暂且不做评论，但是空间转录组的竞争，几乎要正式出现在我们的视野了。

相比于单细胞，空间转录组的利润相当可观，以10X为例，Visium和Xenium的利润均超过了200%，2024年的JP Morgan大会上，10x Genomics宣布推出新的Visium HD系统，该系统将现有Visium平台的分辨率从55微米spots提高到2x2微米squares，从而实现单细胞水平的分析。利润值预估也在200%以上，就目前而言，10X空间在国内并没有很强的竞争对手，如果不出现国产的高质量竞争者，这个利润率还会维持下去。

国外的空间产品公司还有NanoString、Akoya、Spatial Genomics等，不过目前很多还没有进入大众的视野，但是也从一方面反映出行业的暗潮涌动，反观国内，空间的公司包括华大时空、德运康瑞、寻因生物、百迈客、贝普奥等公司，我个人认为其中能够在头部一较高下的公司包括华大和寻因，空间代谢中科新生命势头不错。看好的原因也很简单，华大是先行者，也是国内这方面实力最强的公司，最早就提出了高精度的空间组学，国家层面也支持，很多自然基金课题要求用国产平台，那么首选就是华大；寻因是创新者，前面无论10X还是华大的高精度平台，抑或是标榜单细胞水平的Xenium,其实都无法真正做到空间单细胞水准，但是寻因的技术最大程度上了实现了这一点，结合10X的单细胞核转录组技术，捕获率今年预计达到80%，基本上实现了空间单细胞测序分析；中科新生命在空间层面应该是后起之秀，空间代谢也是一个很好的方向。

但是大家也要明白，一个产品的成功背后站了一个团队，国内的公司需要从研发到分析的一套龙打通，其中包含了产品研发人员、实验人员、生信分析人员、平台研发人员以及销售，技术支持等等等等，更为关键的，需要一位高瞻远瞩的领导，懂得利用产品优势，懂的市场规律，更要懂得客户痛点，也要有居安思危的意识，在市场上能够建立良好的口碑以及产品的不断优化升级，任何一个新品的出现类似于一个婴儿，能否健康的长大还有很多的挑战需要克服。

目前空间大有可为，虽然价格较贵，但是国内的市场还是很大，而且作为科研和临床均需要研究的组学，未来的前景如何，各个公司如此白热化的竞争已经告诉了我们答案。

回到临床，空间在临床的运用早已成型，不过还没有落地，目前临床上的肿瘤治疗还是靶向药物和免疫药物两大分支，其中免疫药物是未来的方向，空转的实际运用也在于此。

目前上市的靶向药物有几十种，免疫药物也有几种，期间还有大量的新药在进行临床试验，预计会很快转化。

每年FDA/NCCN/NMPA都会发布靶向药物的指南，大家需要整理出来，以供临床用药服务，以肺癌其中的一个为例，如下如

靶向药物我们需要整理的包括Gene、变异类型、 突变信息、 癌症类型、 批准癌症类型、药物、临床几期、来源、证据等内容，为生信解读人员提供最全的指导信息。

而空间在免疫疗法的运用，将是今后研究的重点。

生活很好，有你更好