linux-day 3

##安装miniconda

通过清华镜像进行

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

下载好conda文件后bash一下sh文件开始下载conda

下载完成之后source ~/.bashrc 来激活

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

跑这些代码的意义

conda: Conda的命令行工具，用于包和环境管理。

config: Conda的一个子命令，用于修改Conda的配置文件（通常是.condarc文件）。

--add channels: 这个选项告诉Conda你要添加一个新的频道到配置中。频道是存放Conda软件包的服务器地址，Conda可以从这些频道下载并安装软件包。

https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/: 这是你要添加的频道的URL。这个特定的URL指向北京外国语大学提供的一个镜像站点，该站点镜像了bioconda频道。bioconda是一个专门为生物信息学软件提供Conda软件包的频道。

将这个镜像站点添加到Conda的频道列表中有几个好处：

提高下载速度：如果你在中国大陆，使用国内的镜像站点下载软件包通常比直接访问国外的官方站点要快得多。

提升可靠性：国内镜像可能会更加稳定，减少因网络问题导致的下载失败。

方便访问：有时国内用户访问国外网站会受限，使用镜像可以绕过这些限制。

使用这条命令后，当你安装来自bioconda频道的软件包时，Conda会首先尝试从这个镜像地址下载，以期望获得更好的下载速度和稳定性。

安装软件

conda install fastqc=0.11.7 -y

##学有余力

创建环境 并在环境中安装软件

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

激活环境

conda activate “environment”

关闭环境

conda deactivate “environment”