第三天生信内容学习笔记-微信公众号生信星球

linux如何安装软件

--第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”

--第二步，给你的服务器下载conda的精华版--miniconda就可以。

--第三步，安装和配置miniconda

--第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂，甚至有专门的一门课来讲这个，今天这里仅是入门操作。

--第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。

软件管理Miniconda

最方便快捷的软件下载器，没有之一。它的作用就相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可

. conda介绍

. 如何将miniconda下载到服务器上

百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）

=》进入： https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 你会看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本

=》安装64位最新版本（latest）

=〉右键-复制下载链接

登陆服务器，进入biosoft目录

cd ~/biosoft

用到`wget`命令

wget 刚才你复制的下载链接，如下图

「for Windows」请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴； 「for Mac」直接cmd + c 复制，cmd + v粘贴

如果你真的找不到这个链接，那么可以直接使用下面的命令【但强调自己搜索】

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

如果你的网速有限制，下载速度很慢（这个一般不会，因为清华的镜像做的还是不错的），你可以直接拷贝我下载好的，命令是： cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft 【意思就是拷贝doudou目录下的这个安装包到你的biosoft目录】

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

. 怎么安装miniconda

（如果进行下去，失败了，需要从这里重来）

运行 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

然后就开始了安装过程，中间会出现很多的版权信息，按q跳过它们,按q不动的地方按回车，看到问问题，就回答一个yes，按回车，注意别按太快，没回答yes就会失败。

看到这里说明安装成功

最后还得激活:

source ~/.bashrc来激活conda,注意空格 命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了 如果报错，说明你可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令。

不成功就将miniconda这个目录删除，然后从“怎么安装miniconda”开始重来！！ 注意不要删除.sh结尾的脚本哈，要不还得浪费时间在下载上。

安装有问题，可以参考演示视频【无声版】

链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k

添加镜像：

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

把下面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车（注意理解代码的意思）

Windows用户请记住这里的粘贴不是ctrl+V了，是鼠标右键 Mac用户比较方便，可以直接cmd+c复制，cmd+v到Terminal/iterm2中粘贴

# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

接下来我们开始使用conda

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list

2. 安装软件 conda install fastqc -y 【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本  如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

3.确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。