Day3-逗号

逗号的生信旅程D3_给linux上装备

好先看下今日导览

D2说了Linux和Windows一样是个操作系统，那我们装完Windows以后干嘛了？是得整点我们用得上的软件吧？那我们当时不就是先整一个软件管家，然后什么浏览器、WPS、微信...咔咔咔就安上了，这样以后我们的电脑才能用了不是？所以我们要用服务器光有Linux光杆司令不行啊，我们得给他上装备啊。好，这时候就不得不请conda出山了，你可以把conda理解为Linux上的软件管家，有了它我们才能下载其他我们需要的软件噢~

不对啊！我们不D1才说好了告别软件管家，去官网下载软件的吗？怎么今天又搞一个conda了？双标？

对！就是双标哈哈哈......其实不然，仔细想一下，win上的软件管家是个智能搬运工，你只需要鼠标点点点就安上了，但Linux不行啊，他是需要命令行操作的，我们不能命令他去Windows上面找软件管家吧？那回头来理解我们为啥去官网下载嘞？官网上面有针对不同系统的安装包呀，我们要安装Linux能用的安装包是吧？那我拿到了安装包，放在了Linux上，我还是不能点点点去安装呀。诶~~这个时候conda就派上用场喽，我们把安装包的位置告诉conda就好了，conda就可以来帮助我们完成安装啦~

好故事结束了，终于可以进入正题了

第一步 安装conda

首先，找到安装包

conda是国外的，这里我们需要通过镜像使用，所以我们找到镜像的网址。miniconda是conda的精华版，我的资源和需求有限，所以先从miniconda开始。

搜索“miniconda清华”，找到miniconda镜像使用帮助，点击链接，然后在里面找到最新版miniconda的安装包，选中之后复制地址

第二，把安装包加载到目录中

登录服务器，通过wget命令把安装包（脚本）放在脚本目录中。

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.11.0-2-Linux-x86_64.sh

第三，开始安装

bash 脚本文件 #bash是Linux中最常用的命令行解释器之一（这一步就可以理解为运行安装包脚本）

enter之后就开始安装了，中间会出现很多的版权信息，按q跳过它们，按q不动的地方按回车，看到问问题，就回答一个yes，按回车，注意别按太快，没回答yes就会失败。

引自花花豆豆老师的教程

第四，激活conda

souce ～/.bashrc

这一步非常关键嗷！一定不能忘记，不然还是no found。。。

最后，检验安装情况

conda

能出现conda介绍信息就说明安装激活成功啦～

第二步 配置镜像

复制代码使用北外的镜像

把上面的代码全部复制到命令行，粘贴、回车（注意理解代码的意思）

enmmm只能理解到add是添加，就是把北外的镜像源添加到刚才安装的miniconda上？

第三步 通过conda安装所需软件（以安装fastqc为例）

第一，查看当前服务器上安装的所有软件列表

conda list

第二，安装fastqc

conda install fastqc -y

默认会安装最新版本，也可指定版本号（fastqc=0.11.7）

第三，确认软件是否安装成功

fastqc --help

出现fastqc帮助文档即为安装成功

第四步 定制conda分身

有的时候针对不同项目要用到不同版本的软件，这个时候就得根据项目要求配置不同的conda环境（也就是分身咯），然后安装不同版本的软件

这个还没来得及研究，我今天要交不上作业了要呜呜呜

好好好，我是成功的安装了，但是由于时间紧迫我都没截图，以后练习一定要养成截图的好习惯，方便总结复盘。过程中遇到的问题就是安装fastqc过程他有一段时间什么反应都没有，我以为卡死了呢，然后胡乱点了几下键盘，他就出现一些乱七八糟的东西，然后我就叉掉了。刚好群里有小伙伴也遇到了这种问题，花花老师说其实他在装了，只不过没有明显的信号告诉我而已，所以希望大家在安装的过程中也稍安勿躁给他一点点时间，如果一段时间过去了实在没反应了也没关系，那就退出一下重来过呗。