首先需要安装bio3d包
install.packages("bio3d", dependencies=TRUE)
library(bio3d)
分割文件的函数就是dbsplit:
dbsplit(pdb.files, ids = NULL, path = "split_chain", overwrite=TRUE,
verbose = FALSE, mk4=FALSE, ncore = 1, progress = NULL, ...)
pdb.files就是pdb文件。path是分割后的文件放在那个文件夹下。
pdbsplit("./P.pdb",path = "MedBioInfoCloud")
如果是PDB数据库的蛋白,只需要PDB蛋白的id,然后通过get.pdb函数获取即可。
pdbsplit(get.pdb("2XKN", URLonly=TRUE) )
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