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【孟德尔随机化】如果SMR、Coloc、MR结果不一致该怎么办……

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生信菜鸟团
发布2023-12-20 16:35:19
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发布2023-12-20 16:35:19
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文章被收录于专栏:生信菜鸟团

其实今天的推文是一个英雄帖……

如今的孟德尔随机化日新月异,个人绵薄之力实在是无法及时跟踪最新的进展,有时候也会囿于自己的学识无法带给大家完全可靠的知识。

比如最近在学习的药靶MR分析,也遇到了几个问题:

  • 药靶基因的eQTL数据参考基因组是hg19,疾病gwas数据则来自于hg38,这个时候是不是要先将RSID转换为统一坐标(chr+position)?
  • SMR和MR分析结果不太一致:SMR分析有意义,MR分析为阴性……这个时候该如何取舍呢?
  • coloc分析只有在H4大于0.75的时候才能视为共定位成功,否则呢?
  • 很有意思的是,我的数据长这样⬇

是否表明目标基因和疾病:与某个基因组区域的SNP位点显著相关,但由不同的因果变异位点驱动?但目前据我看到的文献,并没有对这样的共定位结果有更深入的解释

……

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原始发表:2023-12-20,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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