Conda类似于Linux的应用商店,一个方便的软件管理工具,适用于生物信息学软件,建议使用Miniconda
uname -a
确定服务器的位数(64/32),选择相应的Miniconda版本cd 路径
转到想要安装程序的路径wget
后接复制下来的下载链接,下载Miniconda安装脚本。bash Miniconda3-版本号-Linux-x86\_64.sh
进行安装Thank you for installing XXX
表示成功安装source ~/.bashrc
来激活Conda。为了提高下载速度,建议配置国内镜像,如北外镜像。这可以通过一系列的conda config
命令来完成:
# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda list
。conda install fastqc -y
或conda install fastqc=版本号 -y
fastqc --help
,成功则有大段文字。conda remove fastqc -y
。不同的生信项目需要不同版本的软件“分身”“环境”
conda info --envs
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda info --envs
conda activate rna-seq
(rna-seq)
输入fastqc
试试,如果出现一大片信息就可以使用了conda deactivate
强调学习Linux和使用命令行的重要性,放弃图形界面的思维,适应命令行操作。
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
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