安装一切顺利,愉快学习的一天,感谢生信星球,感恩豆豆花花,继续磕cp
uname -a
选择对应的64位,.sh是脚本文件后缀;注:64-bit(x86_64)、32-bit(x86)
cd biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #记得用tab
安装过程中会出现很多的版权信息,持续按回车跳过;当出现“Do you accept the license terms? yes|no”时,说明安装要开始了,linux系统能yes就yes,主打听话就好
source ~/.bashrc
conda
出现帮助文档,说明成功
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda list
conda install fastqc -y #-y是yes,即安装过程中conda问的问题,全部回答yes
fastqc --help
出现帮助文档,说明安装成功
conda remove fastqc -y
卸载软件
conda info --envs
前面带*的就是当前激活的(base)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda info --envs
比如要处理转录组数据,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic;安装完确认一下。
conda activate rna-seq
相当于进入该环境,类似于cd 目录
conda deactivate
退出当前环境
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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