R包安装方式以及Github包安装报错解决

生信菜鸟团

发布于 2023-09-09 17:16:02

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写在开头

最近在疯狂补数据挖掘课以及跟着生信技能树整理的#R语言在补充R语言基础知识

恰好看到了无法在线下载安装GitHub包？其实答案就隐藏在报错里面,正好之前也遇到了相似的报错，然后就整理一下笔记分享给大家叭!

R包安装的方式

之前在学习数据挖掘课程的时候，就按照小洁老师教的方法整理过相应的笔记啦，R包安装与使用

那我们先回顾一下，基本的R包安装方法——配置好镜像，然后按照对应的来源安装需要的R包。

首先需要设置好Rstudio的镜像：

#设置镜像
options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(repos='http://cran.rstudio.com/')

1. 来自CRAN的包

可到CRAN的镜像中查找CRAN.r_project（https://cran.r-project.org/）

CRAN_R包

install.packages("ggplot2")    #安装R包 括号里面写入需要安装的包的名字

2. 来自Bioconductor的包

bioconductor（http://bioconductor.org/）是生物信息学相关的社区

Bioconductor

安装Biocondutor里面的R包的时候需要先导入BiocManager然后再去安装需要的R包

使用说明

install.packages("BiocManager")    #导入BiocManager

BiocManager::install("EnhancedVolcano")  #安装需要的R包

3. 来自github的包

有些软件包会放在Github上，版本可能更新的比较及时，因为上传到Bioconductor需要审核

我们下载的时候用Bing搜索相应的R包的名字，然后跳转到Github上面找到下载的方法

Github上R包

如果是github上的包，可以采用输入作者名以及R包名字之后使用命令进行安装

安装Github上的包

#使用devtools安装
install.packages('devtools')

devtools::install_github('kevinblighe/PCAtools')

devtools安装

但是GitHub直接安装的话有时候会报错，往往都是打不开网址。所以可以按照报错信息提供的网址，将R包下载到本地之后导入到Rstudio里面

remotes::install_github("genecell/COSGR")

#报错信息
Downloading GitHub repo genecell/COSGR@HEAD
Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,  : 
  cannot open URL 'https://api.github.com/repos/genecell/COSGR/tarball/HEAD'

R包安装报错

下载到本地之后再导入Rstudio

根据报错信息中提供的网址，将R包下载到本地，保存在你能方便找到的地方。

在使用remotes将R包导入Rstudio中

# 括号里填入R包所在的位置

remotes::install_local("./genecell-COSGR-v0.9.0-1-gc8f3f53.tar.gz",upgrade = F,dependencies = T)

remotes导入R包

查看已安装/载入的R包

library()    #查看已安装的R包

search()      #查看已载入的R包

查看已经安装的R包

查看已经载入的R包

R包安装成功的唯一标准：library()没有error——小洁老师

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原始发表：2023-09-08，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

数据挖掘

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