R包安装方式以及Github包安装报错解决
写在开头
最近在疯狂补数据挖掘课以及跟着生信技能树整理的#R语言在补充R语言基础知识
恰好看到了无法在线下载安装GitHub包？其实答案就隐藏在报错里面,正好之前也遇到了相似的报错，然后就整理一下笔记分享给大家叭!
R包安装的方式
之前在学习数据挖掘课程的时候，就按照小洁老师教的方法整理过相应的笔记啦，R包安装与使用
那我们先回顾一下，基本的R包安装方法——配置好镜像，然后按照对应的来源安装需要的R包。
首先需要设置好Rstudio的镜像：
#设置镜像
options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(repos='http://cran.rstudio.com/')
1. 来自CRAN的包
可到CRAN的镜像中查找CRAN.r_project（https://cran.r-project.org/）
CRAN_R包
install.packages("ggplot2") #安装R包 括号里面写入需要安装的包的名字
2. 来自Bioconductor的包
bioconductor（http://bioconductor.org/）是生物信息学相关的社区
Bioconductor
安装Biocondutor里面的R包的时候需要先导入BiocManager然后再去安装需要的R包
使用说明
install.packages("BiocManager") #导入BiocManager
BiocManager::install("EnhancedVolcano") #安装需要的R包
3. 来自github的包
有些软件包会放在Github上，版本可能更新的比较及时，因为上传到Bioconductor需要审核
我们下载的时候用Bing搜索相应的R包的名字，然后跳转到Github上面找到下载的方法
Github上R包
如果是github上的包，可以采用输入作者名以及R包名字之后使用命令进行安装
安装Github上的包
#使用devtools安装
install.packages('devtools')
devtools::install_github('kevinblighe/PCAtools')
devtools安装
但是GitHub直接安装的话有时候会报错，往往都是打不开网址。所以可以按照报错信息提供的网址，将R包下载到本地之后导入到Rstudio里面
remotes::install_github("genecell/COSGR")
#报错信息
Downloading GitHub repo genecell/COSGR@HEAD
Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet, :
cannot open URL 'https://api.github.com/repos/genecell/COSGR/tarball/HEAD'
R包安装报错
下载到本地之后再导入Rstudio
根据报错信息中提供的网址，将R包下载到本地，保存在你能方便找到的地方。
在使用remotes将R包导入Rstudio中
# 括号里填入R包所在的位置
remotes::install_local("./genecell-COSGR-v0.9.0-1-gc8f3f53.tar.gz",upgrade = F,dependencies = T)
remotes导入R包
查看已安装/载入的R包
library() #查看已安装的R包
search() #查看已载入的R包
查看已经安装的R包
查看已经载入的R包
R包安装成功的唯一标准：library()没有error——小洁老师
腾讯云开发者
