OTU/ASV和系统发育树不匹配的一个解决方案

Listenlii-生物信息知识分享

发布于 2023-09-06 10:02:27

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发布于 2023-09-06 10:02:27

最近好几个人遇到了同样的问题，就是在将OTU/ASV和系统发育树对齐的时候，报错：

Warning message:
In drop.tip(phylo, trimTaxa) : drop all tips of the tree: returning NULL

意思是OTU/ASV名字和系统发育树的节点全都不匹配，导致树上的节点全都被去掉了，树就变成了NULL。

这种问题的出现基本上都是进化树导致的。需要仔细查看进化树文件是否正确。在R中读入进化树：

library("ape")
tree = read.tree("tree.nwk")
tree

查看一下树，正确的格式应该是这样的：

但是，如果你的数据是某公司分析的，他们返回的树文件可能是这样的：

OTU/ASV名字多了单引号。而单引号也会被当成树节点的一部分，因此就和OTU/ASV不一致，导致全不匹配。。。

解决的办法也很简单，把树节点单引号替换掉即可：

tree$tip.label = gsub("'","",tree$tip.label)

完整的代码如下：

# 读入树和OTU
tree = read.tree("Tree.nwk")
otu = read.table("otu.tabular", header=T, row.names=1, sep="\t")

# 如果树的节点存在单引号
tree$tip.label = gsub("'","",tree$tip.label)

# 查看树是否有根
is.rooted(tree)

# 如果是FALSE，说明没有根，需要构建有根树
tree2 = root(tree, 1, r=TRUE) # pick the the farthest OTU as 
is.rooted(tree2)  ##true

# 修剪树和OTU
#prune.sample 对树进行修剪，仅包含otu中出现的物种。
#注意OTU表需转至，变成列为OTU/ASV,行为样本
phy.tree = prune.sample(t(otu), tree2) 

#match.phylo.otu 对OTU表进行删减，只保留树中包含的OTU。
match.otu <- match.phylo.comm(phy.tree,t(otu)) 

# 得到匹配的树和OTU
otu = match.otu$comm  # 注意得到的是转至过的OTU
phy = match.otu$phy

# 输出树
write.tree(phy,file = "tree.new.nwk")

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原始发表：2023-06-02，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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