补充知识 Plot绘图函数
分割画板:
par(mfrow = c(2,2))
把画板分成四块,两行两列#如果报错,把右下角画板拉大一点即可
当一个代码需要复制粘贴多次,就应该写成函数或使用循环,减少人为错误
2.1.1 定义: 多个函数的打包存放,包含函数、数据、帮助文件、描述文件等
2.2.2 用途: 特定的分析功能,需要用相应的packages实现
需要学会的是R包的使用规律,并非某个R包的具体用法
options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
2.Bioconductor的镜像设置:options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
常用镜像# 清华镜像
http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/
# 中科大镜像
http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/
1.来源于CRAN:install.packages("tidyr")
2.来源于Bioconductor
install.packages('BiocManager') #安装Bioconductor来源必须先安装的包
BiocManager::install("ggplot2")
3.来源于Github--括号里写作者用户名加包名
install.packages('devtools') #安装Github来源必须先安装的包
devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1")
方法一:library(tidyr)
方法二:require(tidyr)
加载packages没有erro是检验安装成功的唯一标准
方法三:不确定有没有某个packages,分情况讨论
if(!require(stringr))install.packages("stringr")
if()里面逻辑是F则跳过后面的代码,T则运行后面的代码
已经安装的包可以用::
快速调用里面的函数,e.ppheatmap::pheatmap(volcano)
2.4.1 package not available
原因1:包名写错
原因2:安装命令使用错误
原因3:本机的R语音版本与包所要求的版本不符(极少)
原因4:包过时被剔除了
2.4.2 是否需要更新
不想回答-安装命令加参数
update = F, ask = F
2.4.3 加载A包,erro B包不存在--先安装B包
2.4.4 依赖包版本不够新
2.4.5 not writable / permission denied
--权限问题,管理员重新运行Rstudio
3.1 函数帮助的获取,e.p?seq
如果数据中包含
NA
,它在什么数据中就属于什么类型的数据
3.2 packages帮助的获取,e.p?stringr
3.3 浏览Package作者的在线教程browseVignettes("stringr")
不一定每个作者都会写
3.4 罗列指定packages中的所有函数ls("package:stringr")
3.5 罗列环境中的所有变量ls()
以上内容均引用自生信技能树
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。