在NCBI SRA Toolkit网站可以下载不同系统对应的工具包
【We can download toolkits for different OS in NCBI website.】
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.6/sratoolkit.3.0.6-mac64.tar.gz
# 在NCBI SRA Toolkit网站可以下载不同系统对应的工具包 【the link for different OS is in NCBI website】
tar vxzf sratoolkit.3.0.6-mac64.tar.gz
export PATH="/path/to/sratoolkit.3.0.6-mac64/bin:$PATH"
# 其中/path/to/应当换成安装包的路径。 【/path/to/ should be replaced by your Installation Package Path.】
source ~/.bashrc
或【or】
source ~/.bash_profile
Prefetch -h
“-p”也即progress,用于显示下载进度。我们可以使用Prefetch -h命令查看Prefetch其它功能。
【"-p", also known as progress, is used to show the progress of the download. We can use the Prefetch -h command to see other Prefetch functions.】
“SRAXXXXXX” 代表NCBI SRA数据库中的编号。包含四个层次(study:研究,sample:样本,experiment:实验,run:测序),可以通过检索词得到感兴趣的项目编号。
【"SRAXXXXXX" represents the accession in the NCBI SRA database. It contains four hierarchical levels (study: research, sample: sample, experiment: experiment, run: sequencing), and we can get the accession of the item of interest by query.】
附录:NCBI中对于SRA编号的解释:【Appendix: Interpretation of SRA numbers in NCBI】
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。