8例健康样本(NS) + 14例牛皮癣样本(PP) + 11例牛皮癣病人病变区域周围的皮肤细胞样本(PN)
keratinocytes (KC; KRT14, KRT1, DMKN), melanocytes (MLNC; DCT, TYRP1, PMEL), eccrine gland cells (ECG; PIP, DCD, MUCL1), endothelial cells (EC; PECAM1, CDH5, CLDN5), fibroblasts (FB; DCN, COL1A1, COL1A2), smooth muscle cells (SMC; ACTA2, TAGLN, MYL9), nerve cells (Nerve; MPZ, PLP1,S100B), T cells (TC; CD3D, CD3E, TRAC), myeloid cells (ML; CD74, HLADRA, HLA-DPB1), and mast cells (Mast; CPA3, TPSAB1, CTSG)
这里我们需要注意一点的就是批次,大家看到图中PP样本明显有单独的细胞群,当然了,也有一些三组混合的细胞群,这种分析就要考验我们对批次的认识,通常有混合的细胞群就代表了批次的矫正适度,这个时候千万不可过矫正丧失生物学差异。
最后关于空间细胞类型共定位分析大家可以参考文章10X空间转录组数据分析之细胞的空间依赖性
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