conda是旧爱，mamba为新欢

生信技能树

发布于 2023-02-27 13:40:50

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代码可运行

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前言

之前，习惯性用conda来管理环境，安装软件。大多时候都还不错，但是就是喜欢转圈圈，下载不动，最后给出些不清晰的信息~

最近服务器出问题，重新配置了一遍工作环境，换用mamba试试~

mamba

mamba 是使用C++ 对conda包管理器的重实现。

使用多线程来并行下载仓库数据和包文件
采用libsolv来更快的解决包依赖关联，这是Red Hat，Fedora和OpenSuse的RPM 包管理器中使用的先进的库
mamba核心部分使用C++来获取最大效率

最重要的是mamba有着和conda一样的命令，没啥学习成本就可以迁移到mamba。

The mamba-org 组织有多个Mamba 支持:

mamba 基于Pyhton命令行实现，替换conda，提供高速，更可靠的环境管理
micromamba 纯C++实现，单个可执行文件
libmamba 一个C++库，为mamba和micromamba提供低层级和高层级的API接口。

下载安装

这里我们下载安装micromamba。可以使用以下命令进行自动安装

## Linux 默认shell 使用bash
curl micro.mamba.pm/install.sh | bash

## Linux 默认shell 使用zsh
curl micro.mamba.pm/install.sh | zsh

这里我根据我个人环境，进行手动安装演示

下载micromamba

$ curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba
$ ls bin/micromamba
bin/micromamba

配置shell环境变量

./bin/micromamba shell init -s bash -p ~/micromamba

-p 可以设置自己想要的路径，创建的环境，配置文件等都在这个目录下。

$ micromamba

                                           __
          __  ______ ___  ____ _____ ___  / /_  ____ _
         / / / / __ `__ \/ __ `/ __ `__ \/ __ \/ __ `/
        / /_/ / / / / / / /_/ / / / / / / /_/ / /_/ /
       / .___/_/ /_/ /_/\__,_/_/ /_/ /_/_.___/\__,_/
      /_/

Version: 1.0.0

这个标志和mamba不一样，不过没关系，命令功能都一样。当前调用是通过命令micromamba，名字稍长，我们可以在~/.bashrc里加上这句来通过mamba调用

alias mamba=micromamba

配置

rc 文件表示run commands或者runtime configuration，命令运行时的一些配置文件或命令。我们最常见就是.bashrc文件。

mamba可以读取.condarc文件和.mambarc文件配置。mamba可以读取多个rc文件，然后合并它们的内容，不过我们也不需要配置多个，配置一个就行。mamba读取rc文件有一个优先级：

// on_unix
{
"/etc/conda/.condarc",
"/etc/conda/condarc",
"/etc/conda/condarc.d/",
"/etc/conda/.mambarc",
"/var/lib/conda/.condarc",
"/var/lib/conda/condarc",
"/var/lib/conda/condarc.d/",
"/var/lib/conda/.mambarc"
}
{ root_prefix }/.condarc
{ root_prefix }/condarc
{ root_prefix }/condarc.d
{ root_prefix }/.mambarc
~/.conda/.condarc
~/.conda/condarc
~/.conda/condarc.d
~/.condarc
~/.mambarc
{ target_prefix }/.condarc
{ target_prefix }/condarc
{ target_prefix }/condarc.d
{ target_prefix }/.mambarc
$CONDARC,
$MAMBARC;

root_prefix 为之前设置的-p 参数值，我们就在root_prefix 添加一个.mambarc文件。

$ vim ~/micromamba/.mambarc
## 添加以下内容,并保存
channels:
  - defaults
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
custom_channels:
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
always_yes: true
auto_activate_base: false

上述配置中，将 conda-forge， bioconda， r这三个设为了默认channel, 所以以后安装这3个channel时，不用在命令行通过-c CHANNEL 来指定这三个channel了。同时always_yes设为true，也不用每次加-y参数或者每次手动输入y确认安装包了。

新体验

mamba/micromamba使用和conda用法一样，不多介绍了。除了速度更快些，貌似软件兼容性也解决的更好。

安装包，某个依赖不存在时、而且不能自动安装时，最后会明确指出某个包没有，这样，我们就把那个依赖包安装了，再重新安装就好了~

安装时，进度条更加动感，能感觉它是在下载东西，而不像conda那再那一直转啊转。

还有，查看按照包时，它会将你的手动安装的包，用颜色字体来展示，这个小细节做得不错~

此外，mamba还有个新功能，用于查询软件依赖。

$ mamba repoquery depends -t salmon

                                           __
          __  ______ ___  ____ _____ ___  / /_  ____ _
         / / / / __ `__ \/ __ `/ __ `__ \/ __ \/ __ `/
        / /_/ / / / / / / /_/ / / / / / / /_/ / /_/ /
       / .___/_/ /_/ /_/\__,_/_/ /_/ /_/_.___/\__,_/
      /_/

Loaded current active prefix: "/home/huangsh/software/micromamba/envs/rna"

salmon[1.9.0]
  ├─ boost-cpp[1.74.0]
  │  ├─ bzip2[1.0.8]
  │  │  └─ libgcc-ng[12.2.0]
  │  │     ├─ _libgcc_mutex[0.1]
  │  │     └─ _openmp_mutex[4.5]
  │  │        ├─ _libgcc_mutex already visited
  │  │        └─ libgomp[12.2.0]
  │  │           └─ _libgcc_mutex already visited
  │  ├─ libgcc-ng already visited
  │  ├─ icu[69.1]
  │  │  ├─ libgcc-ng already visited
  │  │  └─ libstdcxx-ng[12.2.0]
  │  ├─ libstdcxx-ng already visited
  │  ├─ libzlib[1.2.13]
  │  │  └─ libgcc-ng already visited
  │  ├─ xz[5.2.6]
  │  │  └─ libgcc-ng already visited
  │  └─ zstd[1.5.2]
  │     ├─ libgcc-ng already visited
  │     ├─ libstdcxx-ng already visited
  │     └─ libzlib already visited
  ├─ bzip2 already visited
  ├─ libgcc-ng already visited
  ├─ icu already visited
  ├─ libstdcxx-ng already visited
  ├─ libzlib already visited
  ├─ libjemalloc[5.2.1]
  │  ├─ libgcc-ng already visited
  │  └─ libstdcxx-ng already visited
  └─ tbb[2021.6.0]
     ├─ libgcc-ng already visited
     └─ libstdcxx-ng already visited

更可以查询有哪些包依赖于这个包!

$ mamba repoquery whoneeds libgcc-ng

                                           __
          __  ______ ___  ____ _____ ___  / /_  ____ _
         / / / / __ `__ \/ __ `/ __ `__ \/ __ \/ __ `/
        / /_/ / / / / / / /_/ / / / / / / /_/ / /_/ /
       / .___/_/ /_/ /_/\__,_/_/ /_/ /_/_.___/\__,_/
      /_/

Loaded current active prefix: "/home/huangsh/software/micromamba/envs/rna"

 Name        Version  Build      Depends           Channel
──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
 boost-cpp   1.74.0   h6cacc03_7 libgcc-ng >=9.4.0 anaconda/cloud/conda-forge
 bzip2       1.0.8    h7f98852_4 libgcc-ng >=9.3.0 anaconda/cloud/conda-forge
 icu         69.1     h9c3ff4c_0 libgcc-ng >=9.4.0 anaconda/cloud/conda-forge
 libjemalloc 5.2.1    h9c3ff4c_6 libgcc-ng >=9.4.0 anaconda/cloud/conda-forge
 libzlib     1.2.13   h166bdaf_4 libgcc-ng >=12    anaconda/cloud/conda-forge
 salmon      1.9.0    h7e5ed60_1 libgcc-ng >=12    anaconda/cloud/bioconda
 tbb         2021.6.0 h924138e_1 libgcc-ng >=12    anaconda/cloud/conda-forge
 xz          5.2.6    h166bdaf_0 libgcc-ng >=12    anaconda/cloud/conda-forge
 zstd        1.5.2    h6239696_4 libgcc-ng >=12    anaconda/cloud/conda-forge