edgebundleR一行代码优雅的绘制网络图

library(tidyverse)
# 安装所需的包 "edgebundleR"
library(edgebundleR)
library(igraph)
library(ggraph)

d <- read_tsv("data.xls")

# 获取重复的集合
sets <- unique(d$Set[duplicated(d$Set)])
# 创建一个长度为sets长度的列表
rel <- vector("list", length(sets))

# 针对每个重复的集合，创建组合数据框

for (i in 1:length(sets)) {

  rel[[i]] <- as.data.frame(t(combn(subset(d, d$Set == sets[i])$ID, 2)))

}

library(data.table)
rel <- rbindlist(rel)
# 从数据框创建图形对象
g <- graph.data.frame(rel, directed = F, vertices = d)
clr <- as.factor(V(g)$Loc)
levels(clr) <- c("#DE9ED6FF", "#709AE1FF", "darkorange")
V(g)$color <- as.character(clr)
# 绘制图形，使用圆形布局，顶点大小为度的5倍，不显示顶点标签
plot(g, layout = layout.circle, vertex.size = degree(g) * 5, vertex.label = NA)

# 导入 circlize 包
library(circlize)
# 初始化 circlize 绘图环境，使用数据中的ID作为因子，设置x轴范围为0到10
circos.initialize(factors = as.factor(d$ID), xlim = c(0, 10))
# 创建轨道绘图区域，使用数据中的ID作为因子，设置y轴范围为0到0.5，背景颜色根据图中节点的颜色设定，不显示边界线，轨道高度为0.05
circos.trackPlotRegion(factors = as.factor(d$ID), ylim = c(0, 0.5), bg.col = V(g)$color,bg.border = NA, track.height = 0.05)

# 遍历每一行关系数据
for(i in 1:nrow(rel)) {
  # 在圆环上绘制连接线，起始点为rel[i,1]的ID，y轴为0，终点为rel[i,2]的ID，y轴为0，线的高度为0.4
  circos.link(rel[i,1], 0, rel[i,2], 0, h = 0.4)
}

edgebundle(g, tension = 0.1, cutoff = 0.5, fontsize = 18, padding = 40)

edgebundle(g)