阿榜的生信笔记5

哈喽，我是学习生物信息学的阿榜！非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭?

这份学习目录可以让大家更容易地了解笔记里面的内容哦?：

一、认识csv格式

①、csv格式的定义：

CSV是用逗号分隔值文件格式，用于存储数据的一种简单的文本文件格式，每行都是一条记录，每个字段用逗号隔开。CSV是电子表格和数据库的常用数据交换格式，易于程序读取和处理，可通过各种软件进行创建和编辑。

②、csv的四种打开方式：

R语言读取文件获得数据框是我们前一篇阿榜的生信笔记中讲过哦，大家应该还记得吧?

有没有人和阿榜第一次学习到这个知识点一样，会觉得在R语言上修改了数据会对原文件产生修改？实际上是不会的哦，大家大可放心?

二、认识分隔符

常见的分隔符有三种：逗号、空格、制表符，如下图所示：

3、将表格文件读入R语言，成为数据框

4、将数据框导出，成为表格文件

大家注意其格式

5、R语言特有的保存格式——Rdata

注意：Rdata由save()保存，由load()加载

大家看看下面的图片，做一下练习，认识认识文件后缀名吧?

读取文件不是一帆风顺的，它有时候也会报错。为什么会报错呢？

原因是我们没有规范的进行操作，上面两种情况记住哦?

还有一种情况是我们没有做错什么还是报错了，这提醒我们改参数哦?

三、让我们来实战一下吧

大家观察下面图标黄的部分，发现了行列名重复了，那该怎么办？

大家还记得前一篇阿榜的生信笔记里面说过我们学会了查字典了，所以现在让我们打开帮助文档吧?

所以，我们现在知道加表头就能解决问题了“header=T”

#文件读写部分
#1.读取ex1.txt
ex1 <- read.table("ex1.txt")
ex1 <- read.table("ex1.txt",header = T)

这个呢？这张图出现的问题怎么解决呢？

还是用参数，row.name=1：第一列是行名；check.names=F:不检查行名是否合法化，允许使用不规范的变量名，例如包含空格或特殊字符的变量名称。

#2.读取ex2.csv
ex2 <- read.csv("ex2.csv")
ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F)

接下来是几个常见的问题及解决方法：

#注意：数据框不允许重复的行名
rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1)
rod = read.csv("rod.csv")

下面这张图片的问题，阿榜碰到过。当时困惑了我半个多月，直到后面小洁老师讲解了这个知识点，我才解决了这个小小的问题。果然是大神的一句话，菜鸟少走半年的弯路。感谢小洁老师?

其实加个制表符就好了，简单吗？sep="\t"

我们继续往下看✍

#4.soft 的行数列数是多少？列名是什么
dim(soft)
colnames(soft)

#5.将soft导出为csv
write.csv(soft,file = "soft.csv")

#6.将soft保存为Rdata并加载。
save(soft,file = "soft.Rdata")
rm(list = ls())
load(file = "soft.Rdata")

提个小问题：文件本质是有什么决定？如图：

答案是A函数哦，我们是可以修改后缀的

下图是R语言读取的文件格式：

知识点记忆卡片来喽?

以上是我这次在学习生物信息学过程中所整理的笔记。希望大家能够一起学习，共同进步。如果在笔记中有错误或者不足之处，欢迎大家指正，我们一起加油鸭?

引用自生信技能树——小洁老师