全基因组甲基化测序(WGBS)是一种研究DNA甲基化的方法,以全面了解在基因组水平上的表观遗传变化。在进行WGBS数据分析时,通常需要使用专门的比对工具,因为这些工具需要能够处理亚硫酸盐转化后的数据。
以下是四个不同的WGBS比对分析流程:
这四种分析流程各自具有不同的特点和优势,选择哪个流程取决于研究需求、计算资源以及期望的分析速度和准确性。实际应用中,可以尝试比较这些流程的结果,以找到最适合您需求的解决方案。
Sentieon BWA + MethyDackel
在甲基化分析中,Sentieon软件可以与其他工具结合使用以提高分析速度和准确性。在这种情况下,Sentieon BWA被用来替换原始的BWA-mem,与MethyDackel结合,建立起Sentieon BWA-Meth流程。
在这个流程中,Sentieon BWA首先负责处理亚硫酸盐转化后的测序数据进行高效的序列比对。由于Sentieon BWA的优化,比对速度和准确性得到了提高,同时减少了计算资源的消耗。
接下来,MethyDackel被用于从Sentieon BWA的比对结果中提取甲基化信息。MethyDackel能够检测甲基化位点,计算甲基化水平,并生成甲基化状态的统计和可视化结果。
通过结合Sentieon BWA和MethyDackel,Sentieon BWA-Meth流程能够为全基因组甲基化分析提供一个高效且准确的解决方案。这使得研究人员可以更快地分析甲基化数据,更有效地挖掘潜在的生物学意义。
Sentieon处理甲基化数据的过程可以概括如下:
1、Sentieon甲基化分析流程:
2、 甲基化映射速度比较:
3、 甲基化映射准确性比较:
4、 CpG位点读取覆盖率比较:
5、 Sentieon甲基化分析流程结论:
6、 应用说明 - 安装
# Prerequisites: samtools # these 4 lines are only needed if you don't have toolshed installed
wget https://pypi.python.org/packages/source/t/toolshed/toolshed-0.4.0.tar.gz
tar xzvf toolshed-0.4.0.tar.gz
cd toolshed-0.4.0 sudo
python setup.py install
wget https://github.com/brentp/bwa-meth/archive/master.zip
unzip master.zip
cd bwa-meth-master
sudo python setup.py install
# Prerequisites: htslib and libBigWig
git clone https://github.com/dpryan79/MethylDackel.git
cd MethylDackel
make LIBBIGWIG="/some/path/to/libBigWig.a"
make install prefix=/some/installation/path
# Only used for indexing reference genome.
git clone https://github.com/lh3/bwa.git
cd bwa; make
7、 准备测试数据
wget https://github.com/brentp/bwa-meth/raw/master/example/ref.fa
wget https://github.com/brentp/bwa-meth/raw/master/example/t\_R1.fastq.gz
wget https://github.com/brentp/bwa-meth/raw/master/example/t\_R2.fastq.gz
bwameth.py index $REF #Indexes with BWA-MEM (default)
8、 读取比对:
export PATH=<PATH\_TO\_SENTIEON>/sentieon-genomics-202112.05/bin:$PATH
bwameth.py --threads 16 \
--reference $REFERENCE \
$FQ1 $FQ2 | \
sentieon util sort -i - –sam2bam –o output.bam
This software is licensed to [xxxxx@xxxx.xxx] by Sentieon Inc.
version: sentieon-genomics-202112.06
9、 制表:
MethylDackel extract ref.fa output.bam
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。