生信干货~测序文件还是应该质控的

质控 算是补充前面的课程，下别人的数据质控还是要做的~

Talk Less，Show Dry-Goods

安装

你需要准备的软件Fastqc与cutadapter安装方法：加入星球的或者购买镜像的conda install fastqcconda install cutadapter

干货教程~Fastqc

Mac下弹出来的Java界面再友好不过了open 你的file，等待结果就好了注意这里file可以是fq，也可以是压缩的gzLinux下需要下面的命令fastqc xxx.fq.gz -o ~/flies由于输出的html，站长劝大家，用filezilla下载到本地看吧至于结果的解读推荐这个https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723常见的问题就是在Per base sequence content里面发现前面有几个bp没有去掉因此杂乱

所以你需要下面这个软件~~

干货教程~Cutadaper

这是个python编译的软件mac与linux下均可按照下面的操作cutadapt -u 10 -o cut_xxx.fq.gz xxx.fa.gz上面的10是从5‘端数需要去掉碱基的个数，如果从3’端去掉要加负号去掉之后在 用fastqc跑一下看看是不是之前的✘✘✘✘✘少了呢有关这个软件的解读推荐，大家看看下面http://genome.annoroad.com/News/Industry/469.html

这可能是你们最关心的事

站长昨天说的那篇BBRC已经online了而且，这可能是微信公众号博主第一次出现在SCI文章致谢中BBRC虽然仅仅是3区的小杂志，但因为审稿速度极快解救了大批晋职称、求毕业的临床医生所以，是懂你们的Chris系列课程来了下面就是介绍啦~

懂你们的课程在这里

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来说说优惠

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教程主讲人介绍

就是站长本人啦Chris Lou，医学专业硕士不知名的大学毕业，现就职一家医院，苦逼规培中····硕士阶段有幸得到了比较完整的魔鬼式的科研训练发表SCI论文9篇，以第一作者发表SCI论文三篇，单篇最高11.75年国自然设计与撰写经验，国自然面上中标2项，青年1项，省级课题中标5项。