Loading [MathJax]/jax/output/CommonHTML/config.js

开发者社区

文档建议反馈控制台

文章/答案/技术大牛

发布

社区首页 >专栏 >站长镜像：下载TCGA转录组数据的只需要一个网址~~~~分享该文+关注公众号，可免费体验。

站长镜像：下载TCGA转录组数据的只需要一个网址~~~~分享该文+关注公众号，可免费体验。

Chris生命科学小站

发布于 2023-03-02 07:41:09

发布于 2023-03-02 07:41:09

5350

举报

文章被收录于专栏：Chris生命科学小站五年归档Chris生命科学小站五年归档

2、分享该文到朋友圈3、回复：我要TCGA，代码已备好就等你来下载了~ 根据小站，之前甚少的阅读流量来看，一台云服务器足够了如果被挤掉线，请更换网址与账号使用~~~ 希望大家玩的愉快 如果你已经加入Chris生信初级教程 发送腾讯云账户ID给站长微信即可获得该镜像 另外这个Chris生信初级教程优惠了，下面是介绍 主讲人，Chris LouChris生命科学小站创始人，神经外科医生，Wet-Dry实验兼修发表SCI论文9篇，以第一作者发表SCI论文三篇，单篇最高10.02。 课程介绍如果你自己有测序结果想省点钱自己分析如果你想挖掘那些NCBI中RNA-seq原始测序数据如果你想预测某些基因下游的通路如果你已经学会了各种R语言教程但是发现服务器好贵那么，还等什么加入这个教程能够教会你，每个样本只花不到10元的价格。从这些数据

到下面这些图

本文参与腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。

原始发表：2018-11-21，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 Chris生命科学小站微信公众号，前往查看

如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与腾讯云自媒体同步曝光计划，欢迎热爱写作的你一起参与！

评论

登录后参与评论

暂无评论

编辑精选文章

换一批

万字详解高可用架构设计

Go 开发者必备：Protocol Buffers 入门指南

10分钟带你彻底搞懂分布式链路跟踪

多租户的 4 种常用方案

亿级月活的社交 APP，陌陌如何做到 3 分钟定位故障？

60页PPT全解：DeepSeek系列论文技术要点整理

生信干货~测序文件还是应该质控的

腾讯云开发者社区云课堂腾讯云学堂云直播 html

站长昨天说的那篇BBRC已经online了而且，这可能是微信公众号博主第一次出现在SCI文章致谢中BBRC虽然仅仅是3区的小杂志，但因为审稿速度极快解救了大批晋职称、求毕业的临床医生所以，是懂你们的Chris系列课程来了下面就是介绍啦~

Chris生命科学小站

2023/03/02

3080

生信干货~测序文件还是应该质控的

学你的课能发文章吗？

云直播腾讯云开发者社区云课堂腾讯云学堂

所以现在站长终于敢回答，很多还没有加入星球的学员那句话“学你的课程能发文章吗？”可以~

Chris生命科学小站

2023/03/02

5800

“站长,怎么注释基因名字啊？”

ID转换很多时候你得到的是GENCODE的ID，比如ENSGxxx之类的，怎样转换成gene symbol呢？往下看一般的教程是这样的 R语言环境下library("AnnotationDbi")library("org.Hs.eg.db")columns(org.Hs.eg.db) #看一下都有什么res DIY的教程是这样的上面那个教程可以应对一般情况，比如对新注释的要版本求也不那么高，知道是什么基因就好了。那么有些特殊要求怎么办比如我想看看非编码，想看看最新的注释结果？“少废话，来干货~”首先

Chris生命科学小站

2023/03/02

2.1K0

站长，加你的星球发文章吗？

腾讯云开发者社区云直播

发文章很抱歉最近公众号教程最近没有更新，站长主要是处理一篇文章Accepted之后的事，这篇文章很重要，结果70%来源于Chris生信初级教程的内容~ 学你的课程能发文章吗？承蒙大家关注和支持，相对之前发的那几个只有100次的apple视频而言站长一个"试讲的""超长的”直播回放视频居然有1170人次观看不过，那个视频真的有点对不起大家了“画面不清晰，还全是废话，实质内容就那么一个，会的人10分钟就能搞定了，居然讲了2个小时，一个20人的直播，说的跟几百人似的。”后来，站长看完内心也会吐槽其实，这些内

Chris生命科学小站

2023/03/02

2070

“站长，linux安装个软件咋那么费劲，有什么适合负基础人群的方法么？”

https linux 网络安全

安装软件 linux上很多软件安装的时候需要配置环境还要安装一堆依赖的软件什么的，对于负基础的人来说一下子就蒙了，不过站长有个好方法可以帮助大家解决一下燃眉之急~ Talk Less，Show Dry-Goods! 安装miniconda miniconda相对于是R中的bioconductor，相对于ISO App Store，相当于应用商店。你只要用一个命令，搭建环境和依赖软件什么的，这类对于负基础人群来说讨厌的操作，conda通通一次性解决如果你按照下面的教程已经获得了一台云服务器，那么按照如下操作

Chris生命科学小站

2023/03/02

8600

站长小视频：怎样下载TCGA转录组数据？分享~关注公众号~回复：TCGA，可获得视频中代码

云服务器 linux

教程将提供： 1、所有与教程有关的R的所有脚本、教程所用的教学数据。 2、赠送网易云课程等价值课程。 3、提供免费共享云服务器工具镜像，并享受VIP级的答疑服务。课程目录： 1、Linux命令与服务器将不是学习生信的障碍——如何建立适合转录组分析的便宜云服务器。 2、如何高速下载SRA数据（RNA-seq原始数据）。 3、这些数据能用吗？（数据的质量与链特异性检测）。 4、STAR分析转录组的流程。 5、相关Linux批量处理数据命令介绍。 6、DEseq2统计分析差异基因。 7、测序数据怎样进行GSEA分析。 8、热图与火山图，GO与KEGG的可视化。

Chris生命科学小站

2023/03/02

4920

站长小视频：怎样下载TCGA转录组数据？分享~关注公众号~回复：TCGA，可获得视频中代码

懂你的Chris生信初级教程~从负基础开始

教程将提供：1、所有与教程有关的R的代码包、教程所用的数据、教学视频等2、提供免费共享云服务器工具镜像v23、享受站长VIP级的答疑服务,针对一些疑难问题站长会去邀请大神们入住星球为大家答疑解惑。

Chris生命科学小站

2023/03/02

1930

懂你的Chris生信初级教程~从负基础开始

生信干货~GSEA~得到测序表达差异基因后该做什么？

然而，GSEA中已经包含了GO与KEGG，而且还有其他丰富的Genesets，所以推荐GSEA

Chris生命科学小站

2023/03/02

8640

生信干货~GSEA~得到测序表达差异基因后该做什么？

Chris国自然辅导~题目篇

标书的题目就是科学假说，这个时间如果你的科学假说已经明确，那么不要着急，在不过好年、不看春晚的煎熬中，你肯定能完成一份标书，最重要的就是关注这个公众号，手把手带你写标书哦~~~

Chris生命科学小站

2023/03/02

2570

差异基因筛选统计工具Deseq2的使用

2、数据可以从txt或者csv等文件直接用read.table/csv读取3、当然如果你看了下面的教程，你会得到data.out这个数据框，按照下面的命令即可得到用于deseq2分析的原始文件data.out1<-data.out[-(1:4),-2]raw.data<-data.out1[,-1]进行条件设置condition<-c(rep('Tumor',50),rep('Normal',50))coldata<- data.frame(row.names=colnames(raw.count), condition)此处要注意raw.count的排序需要与condition顺序一致构建deseq2对象dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = raw.count,colData = coldata,design = ~ condition)设置对照ddscondition<−relevel(ddscondition<−relevel(ddscondition,'Normal')计算开始，样本量大的话，可以先去干点别的dds <- DESeq(dds)get结果res <- results(dds)设置cutoffresSig <- subset(res.LOXL1AS1, abs(log2FoldChange)>1 & padj < 0.01)输出结果resSig<-data.frame(resSig)write.csv(resSig,file="DEG.csv")这个时候是没有基因名字的，你需要参考下面的教程进行注释。生信干货~ID(ENSGxx)转Gene name的方法~R代码包与练习文件请到Chris生信初级教程中下载

Chris生命科学小站

2023/03/02

3610

差异基因筛选统计工具Deseq2的使用

站长镜像：再次免费！只有一天~还不赶紧去下载TCGA转录组数据？”~分享关注公众号，回复：我要TCGA~

云服务器数据库 sql https

那里的参数可以看下面这个网站https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/query.html然后下载你要的数据

Chris生命科学小站

2023/03/02

5180

站长镜像：再次免费！只有一天~还不赶紧去下载TCGA转录组数据？”~分享关注公众号，回复：我要TCGA~

Verilog初级教程（22）赋值间延迟语句与赋值内延迟语句

https 网络安全

赋值间延迟语句在赋值运算符的LHS上有延迟值。这表示语句本身在延迟到期后执行，是最常用的延迟控制形式。

Reborn Lee

2020/08/11

2K0

Verilog初级教程（22）赋值间延迟语句与赋值内延迟语句

“站长，要分析RNA-seq需要准备什么软件？

云服务器 ftp

安装SRA tools Linux环境下按照以下步骤怎样获得一个自己的服务器请看以下教程“站长，没钱买高配置电脑咋做转录组分析？” 下载SRA toolswget "ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"解压tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz添加环境变量export PATH=$PATH:~/downlo

Chris生命科学小站

2023/03/02

7270

等级保护2.0之操作超时

腾讯云测试服务

最近在对比等级保护1.0和2.0的不同之处时，产生了些须疑惑：就是到底还要不要测操作超时（主机、应用层面）？

FB客服

2019/08/09

1.8K0

“站长，TCGA转录组数据怎么下载？”~分享关注公众号，回复：TCGA~可获下载代码

数据库大数据 sql 云服务器腾讯云开发者社区

那里的参数可以看下面这个网站https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/query.html然后下载你要的数据

Chris生命科学小站

2023/03/02

5240

“站长，TCGA转录组数据怎么下载？”~分享关注公众号，回复：TCGA~可获下载代码

微软开放的 Python 系列教程，B 站上有中文翻译了！

python https 网络安全

前不久，我们在公众号推荐过 B 站上相关的 Java 学习资源：《如何在 B 站系统全面地自学 Java 语言？》，看到不少水友对此感兴趣，那今天我就抽空跟大家再介绍下微软此前对外开放的 Python 三大课程宝藏。

GitHubDaily

2020/07/28

8260

机器人操作系统（ROS）在线实训平台学习实验指南

https bash bash 指令网络安全机器人

在高校开设ROS相关课程已经积累了一年多的经验，由于自动化类专业在课程安排中不同于计算机相关专业，通常没有Linux相关的课程基础，直接上手ROS较为困难，个人感觉计算机和人工智能联系更紧密一些，而自动化等更侧重机器人系统的相关软硬件集成。

zhangrelay

2019/01/23

2.1K0

从Flash到Silverlight进阶教程-用代码来创建动画

silverlight flash

从Flash到Silverlight进阶教程用代码来创建动画这节里将要讲述一个自定义用户控件最基本的操作，就好象Flash中的MovieClips一样，动态的将其添加到舞台上。首先你将要看到如何用ActionScript来添加一个MC到舞台中。让我们来看看在Flash中都做了什么。新建flash文件在第一帧添加两个按钮起好实例名称导入一张图片，以中心注册为MovieClips，将链接标识符设置为“man” 新建立一层命名为“as”，添加如下代码 as2.0版本： reset_

用户1172164

2018/02/28

1K0

从Flash到Silverlight进阶教程-用代码来创建动画

等保测评：SQLServer操作超时

数据库 sql sql server 编程算法

本文说的是等级保护1.0中SQLServer数据库操作超时的内容，实际在SQLServer中有很多种超时选项，很容易将其混为一谈，本文将尽力将之说清楚。

FB客服

2019/08/13

4.1K0

等保测评：SQLServer操作超时

Silverlight初级教程-动画

Silverlight初级教程动画在这一节里将要用到在“认识工作区”中提到的时间抽了。这里将和学习flash的过程一样做一个最简单的动画。 silverlight中的动画是以“storyboard”的形式表现出来。“storyboard”你可以认为是flash中的时间轴。 flash中只有一个时间轴，而在silverlight中却可以有多个“storyboard”。在flash中是有一个帧频的概念的，例每秒12帧、每秒30帧等。而在silverlight中则是完全的基于时间的，例

用户1172164

2018/01/16

6270

相关推荐

生信干货~测序文件还是应该质控的

更多 >

Chris生命科学小站0

LV.1

这个人很懒，什么都没有留下～

作者相关精选

换一批

加入讨论

的问答专区 >

架构师之路0

1技术VP擅长5个领域

相关课程

一站式学习中心 >

AI绘画-StableDiffusion图像生成

大模型图像创作引擎

高性能应用服务

腾讯云WeData大数据开发与治理训练营

数据开发治理平台 WeData

微信公众号在线学习平台搭建实践_《硅谷课堂》

💥开发者 MCP广场重磅上线！

精选全网热门MCP server，让你的AI更好用 🚀