TCGA转录组分析网站，查询某肿瘤中高/表达的基因，顺便做个火山图！还可以分析GSEA+生存期图+ROC！赶紧收藏！

工具入口：

www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2

火山图的使用方法：

根据数据来源有两个种模式：

第一种：从TCGA数据中筛选

1.勾选FromTCGAdata选项，在下拉菜单中选择肿瘤。

2.勾选Need Annotation和FilterLnc，这个时候已经可以看到结果了。

3.勾选Select gene，在表格中找到自己想呈现的lncRNA，点击DownloadPlotPdf下载结果。

第二种：DIY数据

一、输入的表格要求：

1、格式为csv！！！

至少要有三列：分别是

基因名（Gene Symbol），倍数（log2FlodChange），p值（padj），在右上那几个列名中分别填写自己表格中各列的名字。以测试数据为例：分别填写，logFC，p，Symbol。

二、如果geneID是ENSG，内置注释功能，点选Need Annotation输入ENSG列名。

1.3更新内容：

去掉了ployly渲染，那个渲染交互真的很好。但是有两个缺点一个是不能输出矢量pdf图，另外一个就是太卡了。所以站长舍弃了ployly，自己操刀实现了几个经常用到的交互功能。

1.火山图加上自己配色选项。之前站长精选配色依然可以选择，如果想自己DIY，请选择YouLike，然后在调色板选颜色，火山图会实时更新。

2.升级指示基因功能。可以实现单选多选，并与表格交互。你想选哪个基因，在右边表格点一下。左边图就会更新。

ps出现红色的提示不要担心，记得把Select Gene那个勾上。

3.优化输出。图片可以直出矢量pdf，不用担心图像因为页面大小变形，输出的pdf是正常的，这样在手机上也可以使用。

下面这个是使用视频教程。

One More Thing.......

配合AnnoE的功能，可以实现提取LncRNA后做火山图，具体操作看下面：

GSEA使用方法：

1、数据准备：

1）格式csv，在上1的位置输入。

2）如果基因名是ENSGxxxx的不要担心，在2的位置ENSG所在那列的名字。在3的地方勾选。下面的456就不要改动了。

3）如果是芯片数据，或者自己DIY的数据，数据中至少应该包括：倍数列，p值列，基因名列。分别在图中4、5、6填入。以测试数据为例：分别填写，logFC，p，Symbol。注意！这时在3的地方不要勾选。

2、出表出图：

1）图中右上角的表格是GSEA的结果，10的位置可以下载。

2) 下面的图是GSEA的结果图，可以在表格中选择想画图的基因集ID。这里可以多选(最多10个），11的位置下载的是GESA的PDF图像。

3）7的位置准备了三个配色方案可选择

4）在8的位置选择Geneset，c1站长从来没用过，直接去掉。选择c2的时候要等待15秒右下角有进度条。