【硬件】生信专用高性能计算机配置指南（续）：关于配置、CPU和机箱

R程序跑得多了，自然而然会想搞一台高性能计算机（High Performace Analytic Computer,以下简称HPAC），毕竟经常好几G的数据读来写去，矩阵计算家常便饭，对CPU算力，内存和硬盘都有比较高的要求。

虽然HPAC相比每平米房价不算个啥，但时代的一颗灰落到个人身上都是一座山，因此不少小伙伴还是限于经济望而却步。但横向来看，毕竟一台好的游戏主机也要好几万；纵向来看，如果看远一点，购买HPAC和发文章的数量肯定是正相关的，或许可以和老板商量，从实验室或小组的经费里拨点赞助，或者下班后可以加班去开滴滴送快递呀，或者街头唱歌的时候脚下放顶帽子，反正办法肯定是有的啦。如果你继续往下看，那么我就假设你已经有办法解决了经济问题，接下来我们将讨论在1.5-2.5w的范围内配置一台HPAC如何选择性价比最高，以及需要考虑哪些问题。

之前站长也写了20k搞定生信服务器相关的内容，本次我们将讨论得更加深入和广泛一点。 20k搞定生信服务器购买、安装与配置攻略~

CPU

如果光说服务器，这个概念稍微有点局限，因为服务器强调稳定，一开机就5、6年不用关机的那种稳定，对CPU的性能的需求是放在稳定之后的。但讨论HPAC，首先还是要从CPU开始说起。

CPU当然是以多线程为佳，AMD的线程撕裂者（Threadripper）就是最好的选择，但Intel长于算法，在功率相对较低的情况下，通过优化算法也能达到四两拨千斤的效果，比如Intel著名的MKL库（Math Kernel Library）[1]，后面我们还会出相关的评测。

假如仅仅是一般的ngs数据处理，其实1w左右就能搞定，但技术是在不断进步的，既然配置HPAC是一笔不小的投资，我们就应该稍微往前看一点。比如目前处理单细胞数据的10x Genomics 的 Cell Ranger ，它给出的最低配置要求是：

• 8-core Intel or AMD processor (16 cores recommended)
• 64GB RAM (128GB recommended)
• 1TB free disk space
• 64-bit CentOS/RedHat 6.0 or Ubuntu 12.04

结合1.5-2.5w的预算，我们就选择了中上游的AMD的线程撕裂者2950X（基频3.5G，16核/32线程，L2+L3缓存 40M，支持超频，TDP功率180W， 支持DDR-2933）和Intel的至强4212（基频2.2G, 12核/24线程, 16.5M 缓存, 支持超线程，TDP功率85W， 支持DDR4-2400）两款CPU为核心，配置了两款HPAC。

第一款是基于AMD CPU自行组装的一台HPAC，经过实际测试，兼容性良好，稳定且性能优异，具体配置如下：

价格不包含运费

参考价格：¥ 18000 + ¥ 8000（显卡可选）

第二款我们直接在戴尔官网选择了PowerEdge T640主机，由于经费有限，基本全部是按默认选项来的，具体配置如下：

价格包含包装和运费

参考价格：¥ 24999

经过测试，两款机器稳定性和兼容性都属上乘，实际性能第一款AMD主机要略胜一筹，我们后面还会推出详细的测评。

机箱

我们先来看看第一款机器的机箱，可以看到虽然比普通PC，但相比戴尔的塔式机箱还是要小巧很多的，而且显得那么低调有内涵。

(Air 540机箱正面图)

这是后视图，可以看到兼容和扩展能力也是很强的，虽然机箱不大，但最多可以安装4个显卡做GPU深度学习用，而且散热能力非常强，所以这款配置是一款经得起考验的配置。

(Air 540机箱背面图)

第二款戴尔主机就显得要大很多，长度达到了70cm，比普通冰箱还要长一截，而且重达40斤，加包装的话更重，要两个人才能抬得动。

(戴尔T640前视图)

打开机箱可以看到浓浓的服务器味道，布局敞亮，散热通道明显，扩能能力超强。

(戴尔T640开箱图)

那么每个朋友的情况是不一样，是选组装机还是品牌机，简单来说，我们以动手能力和对硬件了解的程度画一个XY轴，那么结果就显而易见了。

(选择组装还是品牌)

比较

总的来说，以AMD为核心的HPAC，优点是：

• 性能强劲
• 性价比非常好
• 可选配的自由度大
• 机箱小，不占地方

不足之处也是有的：

• 功率大，比较费电，夏天散热是个挑战
• 需要足够的硬件知识，因为市场上往往真货假货难以区分
• 只能使用普通的内存，稳定性欠佳
• 只能单CPU运行

这里有同学可能不理解普通内存为何会影响到稳定性。其实19年的时候基因学苑[2]就发现在普通高配置电脑上长时间运行GATK容易出错，最终确认是普通内存缺乏容错机制引起的，而服务器的内存，一般是带有寄存器和ECC的（简称REG ECC或RECC），可以自动纠错，从而保证在超长时间运行的时候内存内不会发生字节读写错误。因此基因学苑推荐如果是做临床数据的话，还是选择服务器为佳。

如果说选购服务器，戴尔自然是首选。虽然戴尔其实也是卖组装机，从各个厂家采购配件，自己组装后再卖给客户，但作为老牌电脑供应商，戴尔电脑的兼容性和稳定性口碑还是不错的。表扬的话先不说了，我们先从戴尔主机的缺点说起：

• 机箱太大，占地方
• CPU性能中规中矩，不如AMD
• 整机价格较贵

当然，站长买的就是戴尔，站长对戴尔的优点自然最有发言权，比如：

• 稳定，机箱散热性能好
• iDRAC集成管理系统非常方便
• 最多可以安装2个CPU，一共有24个内存插槽，扩展能力超强
• 价格包含售前售后服务
• 原生的磁盘阵列功能强大

最后，感谢唐渊博士为本文提供相关硬件信息和校对阅读，唐博还为喜欢自己动手组装的同学分别推荐了目前最新的 Intel 平台和 AMD 配置选购指南，后台回复：选购指南，即可下载。

后面我们还陆续有很多服务器相关内容，且听下回分解。

参考资料： 1.Using Intel MKL with R. 2019. https://software.intel.com/en-us/articles/using-intel-mkl-with-r 2.基因学苑：服务器就是一台高配置电脑吗？2019. https://blog.csdn.net/xxxie_/article/details/100133167