Loading [MathJax]/jax/output/CommonHTML/config.js
前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
MCP广场
社区首页 >专栏 >从零开始的异世界生信学习 linux部分 linux 进阶---学习笔记 1

从零开始的异世界生信学习 linux部分 linux 进阶---学习笔记 1

原创
作者头像
用户10361520
修改于 2023-03-07 11:46:10
修改于 2023-03-07 11:46:10
2720
举报

来自生信技能树

1.linux上的文本编辑器vim

vimtuor zh_CN vim编辑器的中文帮助文档!!!!

1.1 vim编辑器是什么

vim介绍
vim介绍

引自生信技能树

1.2 vim编辑器三种模式

  1. 命令模式
  2. 编辑模式
  3. 末行模式
vim编辑器的是三种模式
vim编辑器的是三种模式

引自生信技能树

1.2.1 命令模式

vim编辑器 命令模式
vim编辑器 命令模式

引自生信技能树

1.2.2 编辑模式

vim编辑器 编辑模式
vim编辑器 编辑模式

引自生信技能树

1.2.3末行模式

vim编辑器 末行模式
vim编辑器 末行模式

引自生信技能树 :set nowrap 单行显示文本内容

:%/ word1/word2 /g 将每一行的所有word1替换成word2.

:%/ word1/word2 / 将每一行第一次出现的所有word1替换成word2.

2.生物信息学常见文件格式

  1. fasta
  2. fastq
  3. gff/gtf

2.1 fasta格式

fasta 格式
fasta 格式

引自生信技能树 ATCGN N表示这个位置存在一个碱基,但是不知道是什么

2.2 fastq 格式

fastaq 格式
fastaq 格式

引自生信技能树

2.3 gff 格式

gff 格式
gff 格式

引自生信技能树

2.4 gtf 格式

gtf 格式
gtf 格式

引自生信技能树

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

评论
作者已关闭评论
暂无评论
推荐阅读
编辑精选文章
换一批
生信马拉松 Day12 Linux-2笔记
碎碎念:今天马拉松入门课程已经结课了,而我才补课到12天,呜呼!原本觉得自己R学的很好想直接跳到转录组,没有linux的基础根本听不懂,还得一步一步慢慢来。直播课连上3小时已经很难坚持了,补课的时候没有互动更加难熬,唯一的好处是听不懂的地方可以反复拖回来看,只能用这个勉强安慰一下自己了(;′⌒`)
阿呆的月历
2024/02/04
1990
Linux 进阶 DAY12-13
补充:使用$优先算括号里面的,再用md5sum指令,就不会出现warning的格式错误了。
青柠味
2025/05/31
710
linux 进阶
特征: 两部分, id行和序列行. - id行:以“>”开头, 有时候会包含注释信息,如 chr1、chr2 ... - 序列行:一个字母表示一个碱基/氨基酸,ATCGN 或 20种氨基酸
yurric
2023/03/15
4970
Linux文本编辑器vim的使用2-14
Vim的三种模式: 命令模式 编辑模式 末行模式 vim [file] 进入命令模式后,使用”i“,进入编辑模式,按ese退出,返回命令模式 进入命令模式后,使用”:“,进入末行模式,按ese退出,返回命令模式 命令模式可以干什么? 编辑模式可以干什么? 末行模式可以干什么? 1.保存并退出 :q! :wq :q :wq! 2.查询 :/关键词,n向下翻 N向上翻 3.set :set nu #显示行号 :set nonu #不显示行号 :set list #显示不可见的字符 :set ff=unix
Labetaloliiixxx
2023/03/03
3520
跟萌老师学Linux的第二天
Linux上的文本编辑器vim 图片 命令模式 • 用vim FILENAME进入之后的默认模式 • 可以“上下左右”移动光标 • 可以剪切字符或整行、也可复制、粘贴 移动光标: • 方向键或者hjkl • ^和$:快速到所在行的开头和末尾(用0也可以到开头) • 30j:向下移动30行(数字+方向进行快速移动) • ctrl+f或b:上下翻页(forward/back) • gg:快速回到文档的第一行的第一个字符 • G:快速到文件底部 (或者用 和 ) 撤销动作(后悔药): • u:复原前一个动作(可
贝诺酯
2023/03/23
5280
统信桌面、服务器操作系统【vim编辑器】使用介绍
vim是Linux系统内置的【文本编辑器】,用于查看或编辑文件的内容,学会使用vim编辑器,有助于增加日常运维的便捷性。
Kevin song
2024/04/29
1.2K0
统信桌面、服务器操作系统【vim编辑器】使用介绍
Linux-生信技能树
gff/gtf:9列,序列名字,注释来源,基因结构,起始位置,终止位置,碱基测序结果可信度,链的+向与-向,密码子偏移,其他属性
用户9966449
2023/02/16
2.1K0
每天学一个 Linux 命令(38):vi/vim
vim 是 vi 的加强版,比vi更容易使用。vim编辑器是Unix系统和Linux系统中最标准的编辑器,功能非常强大。它可以执行查找、删除、替换、输出多种文本操作方式。因此,学习vim编辑器也是学习Linux系统过程中比较重要的一个基础部分。
民工哥
2021/02/23
6680
每天学一个 Linux 命令(38):vi/vim
Linux学习笔记-Day13
序列行:一个字母代表一个碱基/氨基酸,为ATCGN或20种氨基酸。#N代表在测序中无法确定具体是什么碱基
用户11190095
2024/07/28
2210
从零开始的异世界生信学习 linux部分 linux 基础---学习笔记-2
常见参数:-A ## 打印所有内容,包括特殊字符,如制表符; -n ##答应所有出行号,-b 参数 仅打印出非空白行行号
用户10361520
2023/02/16
5830
Linux学习——vim
生信技能树学习笔记Vim编辑器——三种模式命令模式 末行模式 编辑模式图片命令模式vim Data/example.fq## 按 : set nu 显示行号## 方向键或hjkl移动光标## 30j:向下移动30行## ctrl + f或b:上下翻页## gg或G移到顶部或底部 或者 [[ 和 ]]## x剪切一个字符## 10x:剪切10个字符## dd:剪切所在行## 10dd: 剪切所在行及下方10行## yy:复制光标所在行## p或P:在当前行的下面、上面进行张贴## u:复原前一个动作(可以连
用户10328045
2023/02/17
5.1K0
Linux学习笔记04-20240517
可以通过进入linux中的帮助文档进行学习,但要注意怎么才能退出来哦(只有末行模式才能退出,而又只有到命令模式才能到末行模式)所以要按ESC从📒模式退到入命令模式,然后按:进入末行模式,然后输入wq才能退出。
迟到小王
2024/05/17
1020
Linux中的vim编辑器常用操作
vim是从vi发展成的文本编辑器,相比于功能比较齐全的vi而言,vim编辑器更加方便。使用vim编辑器打开文件后,会自动进入命令模式,用户可以通过点击键盘上的字母i切换至输入模式。键盘上的Esc则可以让用户从输入模式切换回命令模式。
yhni
2022/11/17
9290
Linux-vim编辑器
替换 %s/被替换/替换为/g (%s/A/a/g)把所有的A替换为a (///可以换成其他的符号,只要是一样的三个字符就可以)
用户10412487
2023/03/28
1.2K0
生信马拉松 Day13 Linux-3笔记
实际容忍度很高,pattern写在左后,或者options写在pattern后面都可以
阿呆的月历
2024/02/04
2150
Linux基础之vim 原
vim是一个类似vi的文本编辑器,不过在vi的基础上增加了很多新特性,vim被公认为类vi编辑器中最好用的一个。
云飞扬
2019/03/13
2K0
Linux基础之vim
                                                                            原
生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗?
生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等,生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义,以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下一步分析。
生信宝典
2019/10/14
2.7K0
生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗?
从零开始的异世界生信学习 linux部分 linux 基础---学习笔记-3 Linux三剑客 grep,sed,awk
-w:word 精确查找某个关键词 pattern less -S Data/example.gtf | grep -w 'gene' ##匹配文件中含有gene的文字
用户10361520
2023/02/21
5920
Linux 常用配置及硬件检测命令 VIM编辑器操作基础命令大全
可以分别使用 a、i、o 三个键从命令模式切换到输入模式。其中,a 键 与 i 键分别是在光标后面一位和光标当前位置切换到输入模式,而 o 键则是在光标的下面再创建一个空行,此时可敲击 a 键进入到编辑器的输入模式。编辑完成后使用Esc键可返回命令模式。
暮城
2022/02/23
8700
Linux学习笔记-Day11-12
-options:选项,用来对命令进行控制,也可省略 #两种格式:-h, --help
用户11190095
2024/07/17
2160
相关推荐
生信马拉松 Day12 Linux-2笔记
更多 >
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档