一、R与RStudio 基础知识

生信技能树学习之R与RStudio 基础知识

课程安排，一步一步来，打好基础

1. R与Rstudio

R是什么？？

Rstudio是什么？

R语言的集成开发环境；图形界面；开源免费

##### > 是R语言的命令提示符

2、新建项目（R project）

File-New project—New Directory-- New project—设置name（learnR）—create project.

##(不要有特殊字符，不要有汉语，不要有空格等)

然后右下角有一个learnR.Rproj 右上角的位置就会换成自己命名的文件夹learnR。在自己设置的工作路径内会自动生成一个learnR的文件夹，里面有learnR.Rproj，下次可以直接双击打开。

R project的作用

存放这个项目的相关脚本和其他文件，便于查找。同时这个project的路径会作为包含所有脚本的工作路径，在这个project内的文件可以直接“文件名”引用，否则需要添加绝对路径。

查看当前project的工作路径：getwd()

3、新建脚本（装代码的文件）R script ：

file——new file——R script 会出现一个untitled 的脚本编辑器

（第一个保存图标可以保存脚本，可以重命名+选择路径，默认路径是当前的project文件，保存的脚本是.R结尾的文件）

1.(左上角)脚本编辑器

2.(左下角)控制台：代码运行和结果显示的地方

3.(右上角)environment（对象/变量列表）。History（历史命令）

4.(右下角)文件/图片/帮助/包

4、字号设置

5、与R"交互"

重启RStudio,可以从这里选择Restart R

与R"交互"的两种方式

脚本的运行方式：1.逐行运行，2.选中运行

快捷键：windows：ctrl+enter mac：command+enter

脚本打开是乱码的解决方案：file—reopen with encoding –选择UTF-8—OK

6、R语言的返回值

1）输出结果 命令运行结果、图片等

2）报错 Error ：一定存在错误，需要修正！ 看报错，只看最后一个冒号后边的东西。

3）警告 Warning：啥也不是，可以忽略，不影响后面。后面如有报错或意外结果再检查。

4）返回“>”：表示运行已经完成

5）太长时间卡住了： 控制台有个红色按钮stop，按红色的stop键，如果没有反应就重启；

R语言3个等级的重启：重启session restart R、重启RStudio、重启电脑；

6）出现“+”：命令不完整需要补充，或者按ESC退出；

7）出现提示信息，检查是否有error，没有就忽略。

8）被问问题，进一步选择：更新【a/s/n】，必须输入一个，不回答就一直问，否则后面的代码无法运行