Conda 是一个开源的包管理系统和环境管理系统,可在 Windows、macOS 和 Linux 上运行。Conda 可快速安装、运行和更新包及其依赖项,可以轻松地在计算机上创建、保存、加载和切换环境。它是为 Python 程序而创造的,但它可以打包和分发任何语言的软件。
为了生信分析的需求,我们安装Miniconda即可。
conda 清华
mkdir bio_packages # 创建 bio_packages 目录
cd bio_packages/ # 切换到 bio_packages 目录下,这里可以使用 tab键 补全命令,比如只打 bio 三个字母,然后按 tab键 就会补全后续命令,这样做非常高效,还能避免输入错误
wget https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh # wget是一个linux系统自带的可在网络上进行下载的简单而强大的自由软件,wget + 下载链接 即可下载下来
ls
命令可以看到一个.sh
后缀的文件,这个文件就是安装包。
一般我们可以使用bash Miniconda3-py39_22.11.1-1-Linux-x86_64.sh
命令行进行安装,会弹出以下信息:
source ~/.bashrc
来激活 conda 。conda
,如果显示软件相关信息就说明安装成功了。# 使用北外的镜像,依次输入下列命令行即可
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
环境
类似于画板,我们可以拥有很多不同的画板,我们可以在不同环境中下载不同的软件系列,用于处理不同的任务。conda env list 或 conda info --envs # 查看已有环境
我们在安装完conda后,自动会创建一个名为base的基础环境,后面的*
号说明我们目前处在这个环境中。
# 其他有关环境操作的常用命令
conda create -n 环境名 # 创建新的环境
conda activate 环境名 # 进入指定环境中
conda remove -n 环境名 --all # 删除指定环境
conda list #首先我们可以先查看当前环境中安装了哪些软件
conda install fastqc -y # 安装fastqc到当前环境中,-y参数表示同意安装过程中的所有询问,也可以不加 -y参数,进行手动回答
conda install fastqc=0.11.7 -y # 安装指定的fastqc版本
conda remove fastqc -y #将fastqc从当前环境中卸载
一般我们输入
软件名/软件中的脚本名 + --help参数
,比如fastqc --help
来查看软件的相关参数等信息。
原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。
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