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生信技能树学习笔记 Day 2

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南国
发布2023-02-07 20:15:51
3690
发布2023-02-07 20:15:51
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文章被收录于专栏:技能板块

ggplot2参数设定

① 形状(shape)标识选择

image.png
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② color & fill 区分:color指边框颜色,fill指内容物颜色,如果二者颜色不一致,color和fill都要写

③ 分面:指按照数据的某一列把数据分成几张子图

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...+facet_wrap(~species)  #分面函数 ~指根据~后的列进行分面
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用来分面的列,必须是分类型变量(变量之间没有大小关系),取值数量是有限的

代码语言:txt
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...+facet_grid(Group~species)  #分面函数 横按照Group切分,竖着按照Species
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sample() #随机抽样
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sample(letters[1:5], 4)  #随机表现在重复运行出的结果每次顺序都不一致
代码语言:txt
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[1] "d" "b" "a" "c"

PS: 好习惯养成,内置数据使用的时候赋值给一个新的变量,尽量不要直接在数据上修改

④ 局部设定 & 全局设定

image.png
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geom_开头是几何对象函数

stat_开头是统计变换函数

代码语言:txt
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+geom_bar(mapping = aes(x,y), stat='identity) #stat标识我不需要函数自带的运算功能,我自己提供y
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ggplot(diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = ..prop.., group = 1))

Tips:

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+theme_classic() #去除背景
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+theme_bw()  #带格子

⑤图片保存

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ggsave('xxx.png') #导出画板中的图片
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ggsave(p1, filename = 'xxx.png') #导出赋值的图片
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pdf('xx.pdf')——绘图——dev.off() #关闭画板并保存图片

如果代码可以运行但是不出图,可能是因为画板被占用,可以多次dev.off()关闭画板

如果还是不行,可以dev.new()开启新的画板,如果还是不行可以重启R studio & 电脑

⑥神器eoffice导出

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library(eoffice)
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topptx(p, 'xxx.pptx') #导出的图片可以通过取消组合来局部修改
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#注意元素个数不能过多

7️⃣ 一个好用的箱式图 #从帮助文档可以直接复制代码

代码语言:txt
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library('ggstatsplot')
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ggbetweenstats(morley, x= Expt,y= Speed,type = "robust",    xlab="The experiment number",ylab= "Speed-of-light measurement",outlier.tagging = TRUE,outlier.label= Run)
image.png
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原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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  • ggplot2参数设定
    • ① 形状(shape)标识选择
      • ② color & fill 区分:color指边框颜色,fill指内容物颜色,如果二者颜色不一致,color和fill都要写
        • ③ 分面:指按照数据的某一列把数据分成几张子图
        • PS: 好习惯养成,内置数据使用的时候赋值给一个新的变量,尽量不要直接在数据上修改
          • ④ 局部设定 & 全局设定
            • Tips:
              • ⑤图片保存
                • ⑥神器eoffice导出
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