Linux||常用命令（三）

wc 统计文本

常见参数

• -l 统计行数
• -w 统计字符串数
• -c 统计字节数

字符串数：以空格为间隔的为一个字符串； 字节数：每一个字符为一个字节。 如下图中“Watch”和“what”各为一个字符串，而“W”和“a”各为一个字节。

举例

cut 文本切割

常见参数

• -d 指定分隔符，默认为\t
• -f 输出哪几列

举例

对于下图的文件

less -N SRR10502964.sam | cut -f 1,3 # 输出文件中的第一列和第三列

less -N SRR10502964.sam | cut -f 1,3 # 输出文件中的第一列和第三列

less -N SRR10502964.sam | cut -d 'R' -f 1 # 以字节R为分隔符，输出分隔后的第一列

sort 排序

以 ASCII 码的次序排列

常见参数

• -n 按照数值从小到大进行排列
• -V 字符串中若含有数值，按照数值从小到大进行排列
• -k 对指定区域重新排列
• -t 按指定分隔符排序

举例

对于下图中的文件

cat blast.out | sort -k 3 | less # 对第三列进行排序

cat blast.out | sort -k 3 | less # 对第三列进行排序

uniq 去除重复行

只能去除相邻的重复行，所以通常与sort一起用

常见参数

• -c 在每列前显示该行重复出现的次数
• -d 仅显示重复出现的列
• -u 仅显示出现一次的列

举例

对于下图中的文件

less blast_out.tab | cut -f 1 | uniq -c

less blast_out.tab | cut -f 1 | uniq -c

paste 合并文件的列

用法：paste [-s] [-d] [文件1] [文件2]

常见参数

• -d 指定分隔符
• -s 将列变为行

举例

对于以下文件1和文件2

直接paste和paste -s的区别

tr 替换或删除文件中的字符

tr [参数] [第一字符集] [第二字符集]

常见参数

• -c 反选设定字符
• -d 删除指定字符
• -s 删除连续重复的字符为指定的单个字符

字符集合

• \NNN 八进制值的字符 NNN (1 to 3 为八进制值的字符)
• \ 反斜杠
• \a Ctrl-G 铃声
• \b Ctrl-H 退格符
• \f Ctrl-L 走行换页
• \n Ctrl-J 新行
• \r Ctrl-M 回车
• \t Ctrl-I tab键
• \v Ctrl-X 水平制表符
• CHAR1-CHAR2 ：字符范围从 CHAR1 到 CHAR2 的指定，范围的指定以 ASCII 码的次序为基础，只能由小到大，不能由大到小。
• [CHAR*] ：这是 SET2 专用的设定，功能是重复指定的字符到与 SET1 相同长度为止
• [CHAR*REPEAT] ：这也是 SET2 专用的设定，功能是重复指定的字符到设定的 REPEAT 次数为止(REPEAT 的数字采 8 进位制计算，以 0 为开始)
• [:alnum:] ：所有字母字符与数字
• [:alpha:] ：所有字母字符
• [:blank:] ：所有水平空格
• [:cntrl:] ：所有控制字符
• [:digit:] ：所有数字
• [:graph:] ：所有可打印的字符(不包含空格符)
• [:lower:] ：所有小写字母
• [:print:] ：所有可打印的字符(包含空格符)
• [:punct:] ：所有标点字符
• [:space:] ：所有水平与垂直空格符
• [:upper:] ：所有大写字母
• [:xdigit:] ：所有 16 进位制的数字
• [=CHAR=] ：所有符合指定的字符(等号里的CHAR，代表你可自定义的字符)

举例

删除字符

只保留一个o

将文件1中的小写字符换成大写字符

# 将小写换成大写