IMvigor210CoreBiologies包官方下载链接失效问题

DoubleHelix

发布于 2022-12-16 11:02:43

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IMvigor210CoreBiologies包，文献PMCID: PMC6028240，数据包含RNA-seq 数据（Count和 TPM）、肿瘤突变负荷 (TMB) 信息和 192 名患者对 ICB 治疗的反应结果。CR, complete response; PD, progressive disease; PR, partial response; SD, stable disease。其中（完全缓解 (CR) 的 25 名：R；疾病进展 (PD) 的 167 名：NR）

官方指导手册：TGF-b attenuates tumor response to PD-L1 blockade by contributing to exclusion of T cells (gene.com)

下载后参照官方指导手册安装。

查看数据：

library(IMvigor210CoreBiologies)
data(cds)
head(counts(cds))
head(fData(cds))
head(pData(cds))

dataset_mariathasan <- get_Mariathasan2018_PDL1_treatment()
dataset_mariathasan

#获取PD-1治疗反应信息
# patient_ICBresponse <- dataset_mariathasan@colData@listData[["BOR"]]
# names(patient_ICBresponse) <- dataset_mariathasan@colData@listData[["pat_id"]]
library(SummarizedExperiment)
#获取PD-1治疗反应信息
# 完全缓解 (CR) 的 25 名：R；疾病进展 (PD) 的 167 名：NR
patient_ICBresponse <- colData(dataset_mariathasan)[["BOR"]]
names(patient_ICBresponse) <- colData(dataset_mariathasan)[["pat_id"]]

table(meta[colData(dataset_mariathasan)[["pat_id"]],1])


# 获取肿瘤突变负荷信息
TMB <- colData(dataset_mariathasan)[["TMB"]]
names(TMB) <- colData(dataset_mariathasan)[["pat_id"]]

# 获取肿瘤类型
cancer_type <- metadata(dataset_mariathasan)[["cancertype"]]