基因预测软件ORFfinder

ORFfinder是一个图形化的序列分析工具，分析并查找序列中的ORF区(open reading frame，开放阅读框)。这个工具使用标准的或其它特殊的遗传密码子查找序列中所有可能的ORF区，并推导出相应的氨基酸序列。

在线网址：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

下面我们来看看这个工具的使用方法，其实也是很简单易用的。

1.输入GI号或Accession，或直接输入序列的fasta格式

2.点击submit之后，就会展示出所有ORF，默认会在蓝色框里面展示最长的ORF

可以点击箭头所示的地方，来用图像化的方式展示所有可能的ORF。

同时下图左侧会显示最长的这个ORF对应的氨基酸序列。右边的表格会给出具体的ORF信息，例如正负链信息，Frame信息。我们知道一个密码子由三个碱基构成，编码一个氨基酸，所以正链和负链都会有三种编码方式，每次往后挪动一个碱基，也就是这里说的Frame。对应下表中的+链1,2，3和-链1,2，3，一共六种Frame。start和stop很容易理解，就是ORF对应在fasta序列上的起始和终止位置。最后一列是ORF对应的碱基数和氨基酸数。

3.下载序列。在左边将感兴趣的ORF进行mark，然后右侧下拉框选择项要下载的fasta序列类型（CDs，protein），点击Download marked set进行下载。

得到ORF的碱基序列或者氨基酸序列