R下载合并ENCORI miRNA靶基因数据

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发布于 2022-09-21 11:41:10

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前面小编介绍过RNA相互作用神器——ENCORI，在文章中给大家举了个用R代码批量下载miRNA和mRNA之间相互调控关系的例子。其实ENCORI数据库除了提供，miRNA和mRNA之间的调控关系以外，也提供miRNA和lcnRNA，miRNA和circRNA之间的调控关系。有些读者尝试修改小编的代码去下载其他的调控关系，这令小编很欣慰，至少做到了学以致用。熟话说学而不思则罔，思而不学则殆，理论和实践还是要紧密结合的。

今天小编就给大家分享分享一下，R代码批量下载miRNA和lcnRNA，miRNA和circRNA之间的调控关系。

####################################
#download lncRNA_miRNA_interaction
####################################
family=read.table("hg19_all_fimaly.txt",sep="\t")
miRNA=unlist(strsplit(as.character(family$V4),","))
dir.create("lncRNA")
for(mir in miRNA){
  file=paste("lncRNA/",mir,".txt",sep="")
  link=paste("http://starbase.sysu.edu.cn/api/miRNATarget/?assembly=hg19&geneType=lncRNA&miRNA=",mir,"&clipExpNum=1&degraExpNum=0&pancancerNum=0&programNum=1&program=None&target=all",sep="")
  download.file(link,file)
  Sys.sleep(5)
}
####################################
#download circRNA_miRNA_interaction
####################################
dir.create("circRNA")
for(mir in miRNA){
  file=paste("circRNA/",mir,".txt",sep="")
  link=paste("http://starbase.sysu.edu.cn/api/miRNATarget/?assembly=hg19&geneType=circRNA&miRNA=",mir,"&clipExpNum=1&degraExpNum=0&pancancerNum=0&programNum=1&program=None&target=all",sep="")
  download.file(link,file)
  Sys.sleep(5)
}

这里下载下来的是一个一个单独的文件，每一个文件里面包含一个miRNA和靶基因之间的调控关系。

那么我们如何把他们合并成为一个文件呢？就像R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇里面使用的mRNA_miRNA_interaction.txt和lncRNA_miRNA_interaction.txt。

下面就来动手吧

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#combine lncRNA_miRNA_interaction
###########################################
lncRNA_files <- list.files(path="lncRNA", full.names=TRUE)

library(plyr)
lncRNA.list <- llply(lncRNA_files, function(x)read.table(x,header=T,sep="\t",comment.char ="#",stringsAsFactors=F))
combind_lncRNA=do.call(rbind,lncRNA.list)
write.table(file="lncRNA_miRNA_interaction.txt",combind_lncRNA,quote=F,sep="\t",row.names = F)

##################################
#combine circRNA_miRNA_interaction
##################################
circRNA_files <- list.files(path="circRNA", full.names=TRUE)

library(plyr)
circRNA.list <- llply(circRNA_files, function(x)read.table(x,header=T,sep="\t",comment.char ="#",stringsAsFactors=F))
combind_circRNA=do.call(rbind,circRNA.list)
write.table(file="circRNA_miRNA_interaction.txt",combind_circRNA,quote=F,sep="\t",row.names = F)

合并完你就可以得到完整的miRNA和靶基因的调控关系了，在一个文件里面，就是下面圈出来的两个文件了。合并miRNA和mRNA之间调控关系的文件，就留给大家自己做吧！