fNIRS数据处理工具包Homer2的数据转换教程

前期我们公众号推送了《fNIRS数据处理工具包Homer2下载与安装的详细教程》，对Homer2的下载与安装进行了详细介绍。不过需要注意的是在使用工具包Homer2进行数据处理前，需要将原始数据转换成Homer2所要求的数据格式。这是因为fNIRS厂家众多，各个厂家的设备具有特定数据存储格式，而因此Homer2能够读取的数据格式是特定的。本文我们将以NIRx原始数据为例，和大家分享下Homer2数据格式的转换方法，希望能帮助大家更好地学习该工具包的使用方法。

1. NIRx原始数据数据格式

打开NIRx原始数据文件夹，可以看到其中包含着多种后缀的数据，如图1所示。

图1 NIRx原始数据文件

这些数据存储是fNIRS设备在采集过程中记录到的相关信息。那么这些文件都存储着什么样的信息呢？图2依次罗列了图1中各个文件对应存储的信息。

图2

这些文件可以使用文本文档访问查看，例如打开后缀为.hdr的文件，可以看到该数据的整体信息。图3展示的是该文件所记录的整体信息的部分内容。[GeneralInfo]部分分别记录了包括文件名、采集日期、采集时间、设备类型、光源等信息。[ImagingParameters]部分则主要记录的是光极数目、波长、采样率等相关信息。这里展示的只是该文件中包含的部分数据，未展示的还包括重要的[Markers]信息等。感兴趣的同学可以亲自动手打开各个文件来查阅一下都有哪些信息。

图3 .hdr文件中存储的部分信息

2. Homer2特定的数据格式

之前我们提到，使用Homer2需要特定的数据格式，那这种数据格式是什么样的呢？图4展示的就是转换后Homer2的数据格式，图右边给出了每个数据变量代表的信息。

图4  Homer2数据格式

数据格式转换所要做的工作，就是从原始数据中获取所要用的信息，按照Homer2的数据维度存储格式要求，保存为相应的变量即可。由于各个fNIRS厂家都有自己的一套数据记录方式，因此，转换方法各不相同。为了方便大家使用，Homer2网站上给出了常用几个厂家的数据转换代码（图5），大家可以去网页上按需下载 https://homer-fnirs.org/faq/。那么对于其他未包含在内的厂家，就需要跟厂家进行联系，他们会提供相应的代码。

图5 数据格式转换代码

3. 转换代码的使用

在matlab中调用下载的.m文件（图6），之后依次选择原始数据文件夹、.SD文件（需要提前生成），最后保存.nirs文件，即可完成数据的转换。

图6 数据转换的实现

数据转换好了！你也可以跟着该教程试试看，看看转换后的数据是什么样子的，以便在后期数据处理时更好地使用吧！