mqtldb-meQTL预测数据库

之前我们在[[SNP是什么东西？#QTL]]当中提到过，QTL是一种用来预测SNP功能的算法。一般分析SNP影响哪个方面的功能就在前面加什么前缀。[[表观遗传学简介]]当中的DNA甲基化 (DNA methylation) 是一种通过给DNA序列添加甲基来影响基因功能的方式。如果要分析SNP对甲基化的影响，那么就会有meQTL (methylation QTL) 这样的东西。所以这里就给大家介绍两个关于meQTL预测的数据库。Pancan-meQTL: http://gong_lab.hzau.edu.cn/Pancan-meQTL/

和 mQTLdb: http://www.mqtldb.org/

Pancan-meQTL

通过数据库的名称也可以发现，Pancan-meQTL属于在肿瘤当中分析meQTL的情况。作者首先使TCGA数据库当中的SNP检测和甲基化检测数据，经过计算获得了所有肿瘤当中meQTL的情况。

基于[[SNP是什么东西？#cis-QTL 与 trans-QTL]]的特征对以上分析分析数据，进一步分成了cis-meQTL以及trans-meQTL。进一步基于SNP的常规分析特征，作者还对影响甲基化的SNP进行了GWAS功能分析 (基于：GWAS Catalog: https://www.ebi.ac.uk/gwas/variants/rs7329174 )。以及基于TCGA的预后分析，分析了meQTL当中的SNP对肿瘤预后的影响。最终就获得了cis-meQTL、 trans-meQTL、Survival-meQTL、GWAS-meQTLs四个功能

数据库使用方面，我们点击每一个想要分析的内容。同时选择想要分析的SNP/甲基化ID/基因名即可。

结果首先是以表格的形式展示，表格当中可以看到具体的SNP编号（如果不了解SNP变化的话可以查看[[SNP是什么东西？#Rs 号]]），甲基化探针号以及具体分析的差异结果。同时点击Box Plot还可以通过箱式图进行展示。

mQTLdb

刚刚介绍的Pancan-meQTL主要是针对肿瘤患者来进行的meQTL分析。而mQTLdb对1000对母子在生命历程中的连续时间点（出生，儿童期，青春期，孕期，中年期）进行大规模全基因组DNA甲基化分析而得到的meQTL数据。

mQTLdb的数据主要来自于作者团队自己长时间跟踪的母子随访性队列：综合表观基因组研究的可访问资源 (Accessible Resource for Integrated Epigenomic Studies, ARIES)。在这个队列当中，作者对母亲和孩子进行不同阶段的检测。

这样阶段性的母子甲基化检测可以让我们详细了解表观遗传随着时间以及生育的改变。如果有研究甲基化的，想利用这样数据的可以在作者的官网申请：Access data and samples | Avon Longitudinal Study of Parents and Children | University of Bristol: http://www.bristol.ac.uk/alspac/researchers/access/

数据库使用方面，我们点击Search；输入想要分析的SNP/甲基化位点；选择分析的数据；选择想要分析的时间点以及定义cis-meQTL的距离，即可进行分析。

结果是以表格的形式进行呈现的，在表格当中可以看到具体的时间点；具体SNP和甲基化位点的信息，以及分析后的P值。

总的来说

以上就是两个和SNP以及甲基化有关的meQTL分析数据库。一个主要针对正常人的检测。另外一个则是针对的肿瘤分析。两个数据库都提供了数据下载的功能，都可以下载数据进行DIY。