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生信修炼手册

发布于 2022-06-09 09:53:52

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graphpad是一款商业化的绘图软件，支持多种可视化形式，而且样式美观，下图就是其典型的输出

graphpad的强大之处在于默认样式的美观，以及所有组件的可编辑，通过鼠标操作可以像ps一样添加和修改任何图片中的元素。

ggplot2则是基于R语言的开源免费工具，其特点在于自动化，所有的操作都通过代码来实现，为了进一步扩增ggplot2的功能，开发者在ggplot2的基础上开发了很多的扩展包，

今天要介绍的ggprism就是一个ggplot2的扩展包，其主要作用就是添加graphpad的主题和内置的颜色梯度，下面来看下其基本用法，首先绘制一个ggplot2基础版本的小提琴图加箱体图的复合图表，代码如下

> library(ggplot2)
> library(ggprism)
> tg <- ToothGrowth
> tg$dose <- as.factor(tg$dose)
> base <- ggplot(tg, aes(x = dose, y = len)) +
+   geom_violin(aes(colour = dose, fill = dose), trim = FALSE) +
+   geom_boxplot(aes(fill = dose), width = 0.2, colour = "black") +
+   scale_y_continuous(limits = c(-5, 40))
> base

效果图如下

通过ggprism这个扩展包，可以实现如下功能

1. 加上ggprism的颜色梯度

代码如下

> base + scale_color_prism("floral") + scale_fill_prism("floral")

效果图如下

2. 加上ggprism的主题

代码如下

> base +
+ scale_color_prism("floral") +
+ scale_fill_prism("floral") +
+ theme_prism(base_size = 16)

效果图如下

3. 控制axis的样式

代码如下

> base +
+ scale_color_prism("floral") +
+ scale_fill_prism("floral") +
+ theme_prism(base_size = 16) +
+ guides(y = "prism_offset_minor")

效果图如下

4. ggprism添加 pvalue 值

代码如下

> p_vals <- tibble::tribble(
+   ~group1, ~group2, ~p.adj,   ~y.position,
+   "0.5",   "1",     8.80e-14, 35,
+   "0.5",   "2",     1.27e-7,  39
+ )
> base +
+ scale_color_prism("floral") +
+ scale_fill_prism("floral") +
+ theme_prism(base_size = 16) +  
+ add_pvalue(p_vals, label = "p = {p.adj}", tip.length = 0, label.size = 4)