人血液外泌体数据库

外泌体（Exosomes）是细胞分泌到胞外的一种纳米级内吞囊泡（40-160nm），含有丰富的内含物（包括核酸、蛋白和脂质等），可以调节受体细胞的行为，并可用作疾病的循环生物标记物。

今天小编给大家介绍一个在线外泌体数据库：exoRBase（http://www.exorbase.org）。它是一个环状RNA（circRNA），长非编码RNA（lncRNA）和信使RNA（mRNA）的存储库，这些RNA来源于人类血液外泌体的RNA-seq数据分析，还包括已发表文献的实验验证。

该数据库基于标准化的RNA-seq数据（涵盖正常个体和不同疾病的患者）对RNA表达谱进行整合和可视化。旨在收集和表征人血液外泌体中所有长的RNA。目前包含58330个circRNA、15501个lncRNA和18333个mRNA，并提供了注释、表达水平和可能的来源组织。

这里小编给大家简要介绍一下该数据库的使用。

1. Browse

exoRBase数据库为用户提供了提取感兴趣的RNA候选物的功能。这里我们点击 “浏览”页面的“lncRNA和mRNA”部分。

以结直肠癌为例，我们可以研究的任何潜在血液生物标志物。

首先，从“Sample types”选项的下拉列表中选择“CRC”。其次，我们可以通过在” Tissue specificity”选择结肠，“Different group”选项中选择“CRC（up）”来选择在CRC样本中表达上调的RNA。当然，我们也可以通过“Tissue specificity”，“Detection frequency”，“Expression rank”和“Validation”选项进一步过滤搜索结果。

最后，单击选项部分底部的“搜索”按钮。

浏览结果以表格形式显示，该举例结果主要为mRNA在CRC样本中的表达上调和结肠组织中的特异性表达情况，该RNA可以被认为是结直肠癌患者的血液生物标志物候选物。

点击Gene symbol列内基因的超链接，可转至该基因在其他疾病中的表达情况、基因的详细基本信息及通往其他数据库的链接。

可以通过单击表中的“Related circRNA”列来检索有关位于基因内或附近的circRNA的信息。

1. Search

可以从3个方面对基因进行搜索，这里以lnRNA and mRNA为例，在Required框内输入基因名称' TRAF3,GAB2,SNX1'。

搜索结果将显示一个图表，该图表显示所有收集到的样品中的表达水平。“ NP”代表正常人，“ CHD”代表冠心病，“ CRC”代表结直肠癌，“ HCC”代表肝细胞癌，“ PAAD”代表胰腺腺癌，“ BC”代表乳腺癌， WhB'代表全血。

此外，我们可以通过单击“热图”按钮将图切换为热图

并列出“TRAF3,GAB2,SNX1”的简要说明的表格。

exoRBase还提供了一个箱形图，可通过直接单击基因名称或表中的最后一列来访问该图。通过这些图，我们可以快速概览所有外泌体样本组中TRAF3,GAB2,SNX1的表达水平。

1. Home

通过搜索框，输入基因名称可以实现快速搜索。具体操作及结果解释同“2”。