circRNA相互作用预测数据库

在前两天介绍circBase的时候，我们统计了一下目前circRNA方面相关的数据库。使用最多的前10的数据库的时候。除了circBase之外还有很多是用来预测circRNA功能的数据库。所以今天。我们就来介绍一下这几个相关的数据库吧。

starBase

关于starBase(http://starbase.sysu.edu.cn/index.php)数据库，我们之间是有过介绍的。这个数据库只要还是用来预测RNA之间的相互作用的。其中包括miRNA、lncRNA、circRNA以及mRNA。

关于starBase的基本用法，可以看这个帖子。

之前的介绍我们提到了这个数据库的基本用法。如果要涉及到circRNA的话。在这个数据库主要可以进行两个方面的预测：

1. 预测miRNA-circRNA的相互作用
2. 预测circRNA和RNA绑定蛋白的关系

CircInteractome

相较于上面的starBase, CircInteractome(https://circinteractome.irp.nia.nih.gov/index.html)是一个专门的用来预测circRNA相互作用的数据数据库。

除了基本的相互作用的预测，这个数据库还可以进行circRNA相关信息的检索以及circRNA引物以及siRNA的设计。可谓是circRNA研究的一体化服务。

在数据库的使用方面。基本上就是点击相对应的功能，然后输入想要进行分析的circRNA即可。比如我们可以了解一个circRNA的基本信息，就可以在Circular RNA当中输入相对应的circRNA即可。

如果想要分析circRNA相互作用的蛋白或miRNA。就可以在RBP on CircRNA以及miRNA Target Sites当中进行预测。

进一步，如果选好了circRNA想要进行后续的基础实验的话，那就需要设计circRNA的引物以及相关敲减的siRNA。那在这里就可以使用Divergent Primers以及siRNA Design来进行设计了。

CSCD

以上两个数据库对于相互作用的预测是基于其基本的序列结构而言的。但是有些时候再某些疾病当中circRNA就不表达。那这个时候单纯的预测也就没啥用了。CSCD(http://gb.whu.edu.cn/CSCD/)就是一个专门在肿瘤当中预测circRNA和miRNA以及RNA绑定蛋白相互作用的数据库。

在这个数据库当中，我们只需要检测相对应的circRNA，然后就可以获得这个circRNA在肿瘤细胞当中是否表达。同时也可以看到这个circRNA和哪些miRNA以及RBP有相互作用。

不过需要注意的是，这个数据库对于circRNA的鉴定是通过circRNA基因组的位置来展示的。而没有使用circRNA ID。这个的话。如果要研究一个circRNA。则需要先把circRNA ID转换为基因组位置，然后才能进行预测。

不过这个数据库也有一个好处就是，相比较之前的两个数据库。这个数据库可以直接下载数据库的所有原始数据。这样的话。那其实就可以批量进行检索了。