前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >ENCODE V5 | 基因组调控预测数据库

ENCODE V5 | 基因组调控预测数据库

作者头像
医学数据库百科
发布2022-05-17 09:07:03
1.2K0
发布2022-05-17 09:07:03
举报
文章被收录于专栏:医学数据库百科

之前我们介绍过关于[[ENCODE-转录调控必知数据库]]这个数据库。目前这个数据库更新到了V 5.0的版本。基本界面也发生了变化。所以这里就重新来介绍一下关于ENCODE: https://www.encodeproject.org/ 。

背景数据集介绍

ENCODE当中包括了多组学的数据。不同于TCGA多个肿瘤患者的测序患者。ENCODE的测序数据主要还是要探讨基因组上的多组学的变化。其中主要包括:

  • 转录因子 Chip-seq:了解转录因子对基因的调控作用;
  • 组蛋白 Chip-seq: 了解组蛋白修饰的情况
  • RNA绑定蛋白 ECLIP-seq: 了解RNA绑定蛋白的结合情况
  • DNA甲基化测序:了解DNA甲基化变化
  • DNase-seq, ATAC-seq: 了解染色体的开放程度
  • 转录位点活性检测 RAMPAGE:转录起始位点 (TSS) 的识别和转录表达的量化
  • ChiA-PET 和 Hi-c: 基因组在三维空间的变化
  • RNA-seq: GETx正常组织的基因表达结果

除了包括以上数据之外,ENCODE还综合了DNase-seq 和 H3K4me3、H3K27ac、 CTCF ChIP-seq测序内容最后汇总成一个一个顺式调节元件 (cis-Regulatory Elements, cCREs) 的结果。在cCREs当中,一共包括了五个顺势反应标签:promoter-like (PLS), enhancer-like (Distal enhancer-like (dELS), Proximal enhancer-like (pELS)), DNase-H3K4me3, and CTCF-only


数据库使用

新版本的ENCODE,基本上属于有了一个专门数据检索的界面。在主页界面当中,可以直接检索想要获取数据即可。比如我们搜索 CTCF,就可以获得和CTCF有关的数据

对于检索的结果。点击进去之后,也就和之前的版本差不多了。所以这里也就不做过多介绍了。有需要的可以看一眼[[ENCODE-转录调控必知数据库]]

除了基本的数据检索之外,在新版本的ENCODE当中,还包括了一个用来可视化cCREs的genome browser:SCREEN: Search Candidate Regulatory Elements by ENCODE: https://screen.wenglab.org/ 。

在这个里面可以搜索基因、染色体位置、SNP编号等。比如搜索:TP53。在结果里面,首先看到的是一个基因浏览器,里面包括了检索的内容和cCREs的关系。下面还包括了里面多个组蛋白修饰以及CTCF chip-seq的结果。

关于基因浏览器如何解读,可以查看[[UCSC Genome Browser-基因浏览器]] 如果对Chip-seq不了解。可以查看[[chip-seq是个什么东东]]

除了这个,还可以查看检索结果的基因表达情况以及转录因子活性

总的来说

以上就是ENCODE的新版本的内容了。里面主要是新开发了一个SCREEN工具。这个工具当中可以观察基因的cis调控的情况。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2022-04-01,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 数据库百科 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
目录
  • 背景数据集介绍
  • 数据库使用
  • 总的来说
相关产品与服务
数据库
云数据库为企业提供了完善的关系型数据库、非关系型数据库、分析型数据库和数据库生态工具。您可以通过产品选择和组合搭建,轻松实现高可靠、高可用性、高性能等数据库需求。云数据库服务也可大幅减少您的运维工作量,更专注于业务发展,让企业一站式享受数据上云及分布式架构的技术红利!
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档