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课程主要是重现一篇5.7分的生信文章《Correlation of alteration of HLA-F expression and clinicalcharacterization in 593 brain glioma samples》，同时指导小伙伴举一反三的方法，让大家能够轻松掌握5分文章的生信分析方法。

先让小编向大家介绍一下这5.7分文章的分析内容。

研究目的

有研究表明HLA-F基因在免疫过程中参与了抗原的呈递，那么HLA-F在脑胶质瘤中是否参与了肿瘤的免疫过程呢，又发挥了什么作用？

数据来源

数据来源有2个，一个是来自CGGA(中国脑胶质瘤基因组计划）的转录组数据和临床数据，另外一个验证数据集是来自GEO上编号GSE16011的芯片数据。

HLA-F基因与临床性状

脑胶质瘤中已有多种临床表型与生存预后显著相关，那么HLA-F在不同临床性状的患者中，基因表达怎么样呢？作者主要比较了肿瘤等级（Grade）,IDH1(异柠檬酸脱氢酶1)和分子分型等3个性状中HLA-F基因的表达情况，发现都存在显著的差异，而且肿瘤预后越不好的组别，HLA-F基因表达越高。

免疫组化验证HLA-F差别

通过免疫组化，检测HLA-F在不同等级肿瘤中的表达情况，结果同样证明在肿瘤等级越高的样本中，HLA-F基因的表达越高。

HLA-F预测间质性GBM

脑胶质瘤分子分型中，间质型脑胶质瘤是预后最差的。从前面的分析结果来看，HLA-F在间质型脑胶质瘤中表达最高，是不是可以采用HLA-F预测间质型脑胶质瘤呢？结果发现HLA-F能很好的预测间质型，预测的AUC值达到了0.8 。

HLA-F 生存分析

前面的临床性状相关分析都证明了HLA-A的重要性，那么HLA进行生存分析，是否存在显著性呢？结果发现无论是在所有等级的肿瘤样本中还是GradeIV（恶性）的肿瘤样本中，HLA-F基因的表达量与预后是显著相关的。无论是单因素Cox分析还是多因素Cox生存分析，证明HLA-F也是与生存预后显著相关的。

HLA家族基因相关性

HLA家族的基因都参与了免疫过程中，抗原的呈递，那么他们之间是否存在一定的相关性呢？对HLA家族的基因进行基因表达相关性分析，发现HLA家族的基因存在很高的表达相关性。

HLA-F相关功能分析

HLA-F既然和生存预后显著相关，那其预后的分子机理是怎么样的呢？这就需要对HLA-F基因表达相关性高的基因进行功能分析。分别进行GO,KEGG基因功能的富集分析，发现这些基因主要采用了免疫过程中的病毒入侵响应，免疫响应，抗原呈递等过程。

总结

从分析结果来看,HLA-F参与了脑胶质瘤的肿瘤免疫过程，在其中主要是参与免疫响应和抗原的呈递。这为脑胶质瘤的研究和免疫治疗奠定了免疫基础。

这就是5.7分生信文章的分析内容，不复杂但是也不很简单。 要想在家过得更充实，那就花2个小时，听听小编给你预备的课程，你也就掌握了分析该类套路文章的方法了。

Feng Enshan., Liang Tingyu., Wang Xiaoyong., Du Juan., Tang Kai., Wang Xiaoxuan., WangFang., You Gan., (2019). Correlation of alteration of HLA-F expression and clinicalcharacterization in 593 brain glioma samples., J Neuroinflammation, 16, 33.