Perl 版Circos -基础篇-图形文件结构和文件格式

circos配置文件circos.conf 在以往的分享文章中已经介绍了四个，第五个housekeeping.conf是circos.conf必要的配置文件，不需要更改，直接调用即可（想看前文的戳Perl 版Circos -基础篇-colors，fonts和patterns的配置）。因此今天给大家介绍一下图形文件的结构和文件格式。

首先介绍一下图形block的三大模块：links,highlights和plots。

具体的block结构如下图所示：

link 文件格式

link在作图中可以用来表示基因的复制事件、结构变异的异位和基因组共线性区段等。link的图形格式有两种：

（1）单行模式：前三列代表position 1，后三列代表position 2。

（2）双行模式：每两行通过共同的区段名字来关联（每行的第一列，每行的后三列代表position）。

具体的格式如下图：

highlight tile connection文件格式

highlight 意味着高亮某一区域，因此应用还是比较多的这一种表现形式，如显著突变位点、CNV、QTL区域等。

highlight 示意图

tile是对有交叠的区域数据的有效展示，如基因、外显子、复制事件、read 覆盖等生物学数据的分层展示。

tile示意图：

connection 可以表现多倍体染色体、不同物种染色体以及同物种物理图谱和遗传图谱的共线性。

connection 示意图

heatmap，scatter，line，histogram 格式

这四种文件格式数据是position（前三列）+value（第四列）的模式，heatmap会对不同大小的值进行颜色赋值，可表现基因、SNP和INDEL密度CG含量等信息。

heatmap，scatter，line，histogram示意图

text文件格式

text与上边的区段内的值不同，其不是展现区段内数量或密度的大小，而是会将区段的名称展现出来，表现更加直观。

text示意图：

今天主要给大家介绍了图形文件的结构和格式，这是circos绘图的文件基础。总结起来就是position模式，position+value模式，position+text模式，position1+position2模式。在以后绘图中还会用到对个别图形区域加入optional来特别定义，在以后的绘图实践中在介绍。