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2022空间转录组分析01-stLearn CCI分析教程数据说明

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生信技能树jimmy
发布2022-03-14 16:48:22
6940
发布2022-03-14 16:48:22
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文章被收录于专栏:单细胞天地

教程链接:

  • https://stlearn.readthedocs.io/en/latest/tutorials/stLearn-CCI.html

教程更新速度太快,很多网络上的帖子已经不能运行了,官网教程的数据又没有提前交代。。。还没开始学习就遇到了两个坑。。。

此教程数据在:10X官网

space ranger 1.1.0与1.0.0区别:

  • spot数不一样,官方教程采用的是1.0.0,V1_Breast_Cancer_Block_A_Section_1/的spot数为3813个

教程中的label_transfer_bc.txt数据在:

  • https://github.com/BiomedicalMachineLearning/stLearn/tree/master/tutorials

关于label的来源,可见:

  • https://github.com/BiomedicalMachineLearning/stLearn/issues
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原始发表:2022-03-01,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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  • 关于label的来源,可见:
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