目前低深度WGS(CNVseq)和高深度WGS都已出专家共识了,其实中深度WGS也有很大的优势和应用价值。
CNVseq相比CMA有很多优势:
但CNVseq最大缺陷是在UPD和异倍体方面的检测。
假如我们把测序深度提高到10x,按目前60¥/G的测序成本计算,测30G,大概需要1800¥的测序成本。加上样本处理大概2000出头的成本价了,市场价格也许与CMA差不太多了。但这增加的测序量,优势就非常明显了。
1x CNVseq目前一般最高能检测出50-100kb+的CNV,平均每3kb内就有10条fragments,平均每20kb内就有67条 fragments,每50kb内就有167条fragments,每100kb内就有333条fragments。而10x WGS的测序量,平均每300bp就有10条fragments,每1kb既有33条fragments,每5kb就有167条fragments
2. 10x WGS可call到比较多有一定可靠度的点突变,我们可利用这些点突变的VAF分布来分析多倍体和LOH(UPD);
3. 可分析一定可靠度的SV;
4.可分析一定可靠度的移动重复元件;
5. 可利用SNP或STR信息,区分父源、母源缺失/重复;
然而,在非唯一比对区域、重复区域、或GC异常区域,不论是CMA还是低深度CNVseq或者中深度、高深度WGS都是检测盲区。要检测这些区域的异常还得倚仗三代长读长测序了。