文章/答案/技术大牛

发布

社区首页 >专栏 >Mendelian randomization(MR)

Mendelian randomization(MR)

原创

用户10803254

发布于 2023-12-19 13:42:24

2.2K00

代码可运行

文章被收录于专栏：今年是雕刻时光今年是雕刻时光

运行总次数：0

代码可运行

孟德尔随机化：根据孟德尔遗传规律，亲代的等位基因随机分配给子代，此过程相当于随机对照研究(RCT)的随机分组过程：不受混杂因素（社会地位、行为等）的影响；满足时间顺序合理性（遗传变异继承于父母，且保持不变）

基本思想：利用与暴露因素具有强相关的遗传变异作为工作变量，借此推断暴露因素与研究结局之间的因果效应。

一.基础知识

1.数据来源：

现有全基因组关联研究（GWAS）数据大部分来源于欧洲，少量来源于亚洲、非洲、混合人种（暴露与结局最好来自同一个地方，消除人群异质性）

2.两样本MR的一个关键要点：

暴露与结局数据不存在或存在少量可接受范围内的样本重叠（最好不用同一库的）

3.下载的GWAS数据通常含以下变量

Rs号（pos,chr可以转化为rs号）

effect_allele(A1;效应等位基因)

other_allele(A2)

beta（OR;效应值)：表示SNP对表型起到的作用（结局是连续型变量用beta，大于0则增加风险；结局是二分类变量用OR，OR大于1则增加风险）

EAF(Freq;MAF；效应等位基因频率)

注：beta与OR可以相互转化：beta <- ln(OR)

P、beta、se知道其中两个可以计算另一个:se <- abs(beta/qnorm(p/2,lower.tail=F)

4.工具变量的获取

从GWAS原文中获取
从已发表的MR文章中获取（注意引用）
R program提取

5.核心假设（若筛选出的SNP较少，可忽略假设2和3；独立性假设和排他性假设具有相似性）

相关性假设（SNP与暴露强相关）：

p<5e-08(视条件而定);F>10代表强相关; 注：p最低可放宽到5e-06（可能存在弱工具变量）； P值越小，F越大

Clumping:LD r2<0.001（r2越小，SNP越少）,kb=10000(视条件而定)#连锁不平衡r2小于0.001(越小SNP之间越独立)，kb(指连锁不平衡的区域长度，在遗传学上我们认为在染色体上距离很近的遗传位点通常是“捆绑”在一起遗传给后代的)

R2 <- 2*(1-MAF)*MAF*（beta）2 #计算每个SNP的R2将其相加，带入下面公式
F=(R2/(1-R2))((n-k-1)/k)# n为sample size , k为最终的SNP个数

独立性假设（SNP与混淆因素无关）
排他性假设（SNP只能通过暴露对结局发生作用，而不能通过其他途径）：p>5e-5 或p>5e-8或P结局>P暴露

PhenoScanner (cam.ac.uk)#假设2和假设3（将假设1筛选出的SNP逐个输入该网站验证）

6.核心假设的违背

弱工具变量：当遗传变异与暴露因素不具有强相关关系（P），或者遗传变异仅能解释小部分的表型变异时（F值），称为弱工具变量

解决方案：1.增加样本量 2.增加表型解释度：相对于单个遗传变异，多个遗传变异能解释更大比例的表型变异

多效性：当遗传变异可通过“遗传变异-暴露因素-结局”以外的其他通路影响结局发生时，该遗传变异具有多效性，这种多效性可导致独立性和排他性假设不成立

解决方案：使用生物学功能明确的遗传变异作为工具变量

连锁不平衡：基因组位置相近的遗传变异倾向于共同遗传

解决方案：使用生物学功能明确的遗传变异作为工具变量

人群分层：遗传变异频率在不同遗传背景的人群间存在差异，导致遗传变异与结局之间出现虚假关联

解决方案：纳入具有相同遗传背景的人群开展遗传关联研究

7.

逆方差加权法（IVW）：假设所有遗传变异SNPs都是有效的工具变量，总体偏差为零。但是即使只有一个基因变异是无效的，它也会有偏倚
加权中位数法（weighted median）:即使多达一半的权重来自无效的工具，该估计量也是一致的。相比于IVW，该方法具有更小的I类错误，且是对MR-Egger的补充
MR-egger回归：斜率系数：估计因果效应；截距：检验基因多效性，当截距接近于0则认为遗传多效性影响较小

8.森林图中置信区间跨过0或1表示结果不显著（p>0.05）

6.暴露数据和结局数据的SNP对应的效应等位基因不一致：Harmonization

dat <- harmonise_data(exposure_dat = RI_exp_dat_clumped,outcome_dat = outcome_dat)

7.一部分暴露数据的SNP在结局数据中找不到

8.代理SNP如何确定？

9.选择结局数据注意要点

SNP量至少四五百万

10.mr_keep=FALSE的观测分析时会被删掉

11.统计效能power值的计算

mRnd: Power calculations for Mendelian Randomization (cnsgenomics.com)

二.实操

1.实操第一步：暴露数据

将数据下载到桌面，打开RStudio，导入暴露数据exposure.txt：

setwd("C:/Users/76325/Desktop")
exposure1 <- read.table("exposure.txt",header=T)

独立性设置

RI_exp_dat_clumped <- clump_data(RI_exp_dat,clump_kb= 10000,clump_r2=0.01,clump_p1=1,
clump_p2=1,pop="EUR")#EUR表示样本来自欧洲

将数据导出，计算F值，大于10的数据留下

2..实操第二步：结局数据

将结局数据导入R，命名为PCOS_outcome
将暴露与结局数据进行整合

exposure_outcome <- merge(RI_exp_dat_clumped,PCOS_outcome,by.x="SNP",by.y="MarkerName")

导出整合数据，删除exposure部分，剩余outcome部分，名称为outcome.csv
将数据重新读回R
重新整理数据

outcome_dat <- read_outcome_data(snps=RI_exp_dat_clumped,filename=outcome.csv,sep=",",snp_col="SNP",bata_col="bata",
se_col="se",effect_allele_col=""effect_allele,other_allele_col="other_allele",eaf_col=“eaf”,
pval_col="p")

3、实操第三步：Harmonization（协同）

dat <- harmonise_data(exposure_dat = RI_exp_dat_clumped,outcome_dat = outcome_dat)

4、实操第四步： MR estimation

> mr(dat)#默认用五种方法分析
mr_method_list()#查看总共有多少种方法
#mr(dat,method_list=c("mr_ivw","mr_raps"))#指定方法分析
Analysing 'ieu-a-2' on 'ieu-a-7'
  id.exposure id.outcome                              outcome
1     ieu-a-2    ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7
2     ieu-a-2    ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7
3     ieu-a-2    ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7
4     ieu-a-2    ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7
5     ieu-a-2    ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7
                       exposure                    method nsnp         b         se
1 Body mass index || id:ieu-a-2                  MR Egger   79 0.5024935 0.14396056
2 Body mass index || id:ieu-a-2           Weighted median   79 0.3870065 0.07201409
3 Body mass index || id:ieu-a-2 Inverse variance weighted   9 79 0.4459091 0.05898302
4 Body mass index || id:ieu-a-2               Simple mode   79 0.3401554 0.15562464
5 Body mass index || id:ieu-a-2             Weighted mode   70.3888249 0.09681892
          pval
1 8.012590e-04 #在MR-Egger的intercept分析时，P必须大于0.05，否则IVW结果不可靠
2 7.699254e-08
3 4.032020e-14  #IVW的P值<0.05，其他的大于0.05也可以当作阳性结果，但其他方法的beta值与IVW方向必须一致
4 3.183437e-02   #若方向不一致，将p值逐渐缩小 5e-9
5 1.352008e-04

将beta值转换为OR值

generate_odds_ratios(mr_res=mr(dat))

数据可视化：散点图

mr_scatter_plot(mr_results = mr(dat,method_list = c("mr_ivw","mr_egger_regression",
"mr_weighted_median")),dat)

5.实操第五步：敏感性分析（我们希望P>0.05）

5.1 异质性检测

> mr_heterogeneity(dat)#Q值小于0.05说明存在异质性
  id.exposure id.outcome                              outcome
1     ieu-a-2    ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7
2     ieu-a-2    ieu-a-7 Coronary heart disease || id:ieu-a-7
                       exposure                    method        Q Q_df       Q_pval
1 Body mass index || id:ieu-a-2                  MR Egger 143.3046   77 6.841585e-06
2 Body mass index || id:ieu-a-2 Inverse variance weighted 143.6508   78 8.728420e-06

若有异质性（有离群值），则

run_mr_presso(dat,NbDistribution = 5000)#数字越大，精度越高

异质性可视化（漏斗图：SNP是否对称分布在IVW线两侧）

mr_funnel_plot(singlesnp_results =mr_singlesnp(dat))

5.2 多效性检测（SNP通过其他暴露因素影响到结局）：若存在多效性，则通过看文献了解存在哪些暴露因素，用phenoscanner网站剔除与暴露因素有关的SNP

mr_pleiotropy_test(dat)#若p<0.05说明存在多效性（有截距），则不做了

5.3 Leave-one-out analysis（对结果有显著影响的SNP要剔除）

mr_leaveoneout(dat)

可视化（置信区间：beta+/-1.96se）

mr_leaveoneout_plot(leaveoneout_results = mr_leaveoneout(dat))

三、在线数据库：IEU

library(devtools)
devtools::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")
library(TwoSampleMR)
exposure <- extract_instruments(outcomes = "ieu-a-2",p1=5e-08)
outcome <- extract_outcome_data(snps = exposure$SNP,outcomes = "ieu-a-7")
dat <- harmonise_data(exposure_dat = exposure,outcome_dat = outcome)
mr(dat)

#异质性检测
mr_heterogeneity(dat)#Q值大于0.05说明不存在异质性
run_mr_presso(dat,NbDistribution = 5000)

#异质性可视化
mr_funnel_plot(singlesnp_results =mr_singlesnp(dat))

#多效性检测
mr_pleiotropy_test(dat)#P<0.05则别做了

#leaveoneout analysis
mr_leaveoneout_plot(leaveoneout_results = mr_leaveoneout(dat))

#可视化

mr_scatter_plot(mr_results = mr(dat,method_list = c("mr_ivw","mr_egger_regression","mr_weighted_median")),dat)

四、写作技巧

1.Introduction（注意暴露与结局应有侧重点）

background(first paragraph)

Epidemiology(发病率高),diagnosis（诊断困难，发现即晚期）,treatment（覆盖率低因此预防很重要）,prognosis（预后不好）,disease burden...Then taken together,point out the importance and urgency for disease prevention ; Previous studies on the association between exposure and outcome（general to specific,experimental and clinical）

Gap(second paragraph)

What is unknown based on the existing evidence?(Causality)
The inherent defects for the conventional observational studies.
Why filling gap(undetermined causality) is important?
How will we fill the gap?(introduce MR)

Strategy(third paragraph)

Introduce the basic principles of MR design
Introduce previous topic-related MR studies

Conclusion(third/fourth paragraph)

Briefly describe what you will do in current study,and what implications will have

2.Method

study overview:

Briefly describe the study design and the corresponding fundamental assumption

Data source:

Exposure & Outcome

Genetic variant selection criteria:

Association threshold,LD cutoff,exclude SNP associated with outcome,Harmonization to exclude palindromic and incompatible SNPs, F>10 ,and so on

statistical analysis:

MR estimations like IVW,weighted median, MR-Egger,RAPS,and so on; Sensitivity analysis like Cochran Q test（异质性检测）,Egger-intercept test（多效性检测）, leave-one-out analysis