GCTA学习2 | 软件下载安装--windows和Linux
GCTA学习2 | 软件下载安装--windows和Linux
邓飞
发布于 2022-02-08 15:55:21
发布于 2022-02-08 15:55:21
本篇，介绍GCTA这个软件的安装。
1. 安装包
GCTA官网：https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#Download
这个软件是开源的，源码在github上：https://github.com/jianyangqt/gcta
2. Linux安装测试
2.1 下载
在终端中运行下面命令：
wget https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/bin/gcta_1.94.0beta.zip
下载成功：
文件：
gcta_1.94.0beta.zip
2.2 解压
unzip gcta_1.94.0beta.zip
文件：
gcta_1.94.0beta
├── gcta64
├── MIT_License.txt
├── README.txt
├── test.bed
├── test.bim
├── test.fam
└── test.phen
2.3 测试
进入gcta_1.94.0beta文件夹，运行下面命令：
根据plink的二进制文件，进行G矩阵的构建（Yang的方法），生成二进制亲缘关系矩阵。
./gcta64 --bfile test --make-grm --out gmat
运行日志：
Options:
--bfile test
--make-grm
--out gmat
Note: GRM is computed using the SNPs on the autosomes.
Reading PLINK FAM file from [test.fam]...
3925 individuals to be included from FAM file.
3925 individuals to be included. 1643 males, 2282 females, 0 unknown.
Reading PLINK BIM file from [test.bim]...
1000 SNPs to be included from BIM file(s).
Computing the genetic relationship matrix (GRM) v2 ...
Subset 1/1, no. subject 1-3925
3925 samples, 1000 markers, 7704775 GRM elements
IDs for the GRM file have been saved in the file [gmat.grm.id]
Computing GRM...
100% finished in 0.3 sec
1000 SNPs have been processed.
Used 1000 valid SNPs.
The GRM computation is completed.
Saving GRM...
GRM has been saved in the file [gmat.grm.bin]
Number of SNPs in each pair of individuals has been saved in the file [gmat.grm.N.bin]
结果文件：
gmat.grm.bin gmat.grm.id gmat.grm.N.bin gmat.log
3. Windows安装测试
3.1 下载
3.2 解压
3.3 测试
在bin中打开git终端：
运行代码：
./gcta64.exe --bfile ../test --make-grm --out ../gmat
结果文件：
4. 安装成功
可以看到，Windows和Linux运行命令一致。gcta也有Mac系统，和plink类似。
5. 温馨提示
为了使用更方便，可以将gcta64可执行文件放到bin文件下，这样就可以直接键入gcta64进行分析。
「windows下：」
cp gcta64.exe ~/bin/
「Linux下：」
cp gcta64 ~/bin/
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原始发表：2022-01-07，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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