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推荐几个单细胞数据分享和展示平台 | 短视频演示

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生信宝典
发布2022-01-18 20:27:58
发布2022-01-18 20:27:58
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文章被收录于专栏:生信宝典生信宝典

Broad的单细胞数据分享和展示平台

  • 可选择子类展示
  • 映射单个基因的颜色到t-SNE/UMAP图
  • 分屏展示Cluster着色图和单基因着色图
  • 多基因热图、Dotplot、Boxplot、Violinplot展示
  • 部分图可导出矢量图格式

http://mpvideo.qpic.cn/0bf2nmabeaaa6qao272sznqfa26dcjvqaeqa.f10002.mp4?dis_k=be680a1b9aa8464d721bf2805aacd764&dis_t=1642508742&vid=wxv_1786100000683294721&format_id=10002&support_redirect=0&mmversion=false

视频2-4分钟,都没有声音,可直接播放

UCSC single cell browser

  • 细胞t-SNE/Umap图可按metadata中很多属性着色
  • 可查找定位关注的细胞、细胞簇
  • 可着色单基因的表达图
  • 可自定义颜色
  • 可分屏展示2种颜色映射方式

http://mpvideo.qpic.cn/0b78uyaamaaavuaps72s2vqfbjwda2taabqa.f10002.mp4?dis_k=1165c909916ac5ecba220f81e04430fe&dis_t=1642508742&vid=wxv_1786097528107532289&format_id=10002&support_redirect=0&mmversion=false

视频2-4分钟,都没有声音,可直接播放

Cell X Gene

  • 一个Python包,可部署到本地电脑或自己服务器展示
  • 可按多种细胞属性着色
  • 可绘制2个基因的表达相关性点图
  • 可按单基因表达着色
  • 可选择2个簇进行差异基因分析

http://mpvideo.qpic.cn/0bf25uabiaaaaiaoxiksyfqfb3odctwqafaa.f10002.mp4?dis_k=9af9a7df9ffb32af1990dd3a68a9b95a&dis_t=1642508742&vid=wxv_1786101356433342475&format_id=10002&support_redirect=0&mmversion=false

视频2-4分钟,都没有声音,可直接播放

ASAP在线单细胞分析平台

  • 可在线进行单细胞分析
  • 展示功能多出一个三维展示,其它无明显特色

http://mpvideo.qpic.cn/0bf2omabeaaalaabfgctyrqfa46dcjzqaeqa.f10002.mp4?dis_k=7efaf0998e149b93ae3d6daf63fa7351&dis_t=1642508742&vid=wxv_1786102363015970819&format_id=10002&support_redirect=0&mmversion=false

视频2-4分钟,都没有声音,可直接播放

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原始发表:2021-07-06,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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